Predicted mutation | ||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (107/95); total (109/95) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,912,290 | 0 | T | A | 99.0% | 472.2 / NA | 204 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (108/93); total (109/95) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 |
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
CTGCTGCACGCCCTGATAAATCACCTGCGCCTGCGGTTCAATCACCACACCACGCCCCGGTA‑‑ACCACTGATACCCCGCCTCCAGGCTGGCGATAAT‑CCCGCTGCTGTGGTAATGATCTGTGCCATCTTCTTGTTCGGAAACATCATTGCTAAACCACGCGTATTGCAGCCAGCTATCCAGCCAGGCCCCTTGCTTCTGATTACCGTGCTGAAACCAGCTACTTGTCAGCCCAACGGCATAACCGTGGTTCTGGTTATCGGCGCGAGTTCCGGTCATATTGCTG‑CGGCTGTCGCCCTGGTTATCGCTGTAGCCACCAACAATCCCAAGCATCCACTCGCCATCCGTGCCCCAGCGCCCGCTAAACAGATCGCCGCTAAGTTGCACCGTAGAAGTGTCTTCATGTTGAGCCAGTTGCCCCGCTGCTGTGTAATGATAATCTCCGCCGATAACACGTAAATTCAGCGTCTGACCATCGCCACCTGCGTGATCGCGTCGCTCCATCATAAACGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAGATAACCGCCAACTTTGGCATT > CP042583/1912009‑1912566 ||| ccgctgcCCCCCCTGATCACTCACCTGCGCCTGCGTTTCAATCACCACACCACGCCCCGGTA‑‑ACCACAGATACCCCGCCTCCAGCGAGGCGATAAT‑CCCCGACGAGTGGTAATGATCTGTGCCATCTTCTTGTTCGGAAACATCATTGCTAAACCACGCGTATTGCAGCCAGCTATCCAGCCAGGCCACTTGCTTCTGATTACCGTGCTGAAACCAGCTTGATGTCAGCCCAACGGCATAACCGTGGTTCTGGTTATCGGCGCGAGTTCCGGTCATATTCGAG‑CGGCTg < 2:1178130/287‑1 (MQ=255) 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ggTTATCGGCGCGAGTTCCGGTCATATTCGAG‑CGGCTGTCGCCCTGGTTATCGCTGTAGCCACCAACAATCCCAAGCATCCACTCGCCATCCGTGCCCCAGCGCCCGCTAAACAGATCGCCGCTAAGTTGCACCGTAGAAGTGTCTTCATGTTGAGCCAGTTGCCCCGCTGCTGTGTAATGATAATCTCCGCCGATAACACGTAAATTCAGCGTCTGACCATCGCCACCTGCGTGATCGCGTCGCTCCATCATAAACGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAGATa < 1:203717/289‑1 (MQ=255) cGGCGCGAGTTCCGGTCATATTCGAG‑CGGCTGTCGCCCTGGTTATCGCTGTAGCCACCAACAATCCCAAGCATCCACTCGCCATCCGTGCCCCAGCGCCCGCTAAACAGATCGCCGCTAAGTTGCACCGTAGAAGTGTCTTCATGTTGAGCCAGTTGCCCCGCTGCTGTGTAATGATAATCTCCGCCGATAACACGTAAATTCCGCGTCTGACCATCGCCACCTGCGTGATCGCGTCGCTCCATCATAAACGACTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAGATAACCGcc > 2:1227133/1‑289 (MQ=255) cGGCGCGAGTTCCGGTCATATTCGAG‑CGGCTGTCGCCCTGGTTATCGCTGTAGCCACCAACAATCCCAAGCATCCACTCGCCATCCGTGCCCCAGCGCCCGCTAAACAGATCGCCGCTAAGTTGCACCGTAGAAGTGTCTTCATGTTGAGCCAGTTGCCCCGCTGCTGTGTAATGATAATCTCCGCCGATAACACGTAAATTCAGCGTCTGACCATCGCCACCTGCGTGATCGCGTCGCTCCATCATAAACGCCTGATTTGCCGCACGCAGGTTATTAAGATAACCGcc > 1:599437/1‑289 (MQ=255) cgAGTTCCGGTCATATTCGAG‑CGGCTGTCGCCCTGGTTATCGCTGTAGCCACCAACAATCCCAAGCATCCACTCGCCATCCGTGCCCCAGCGCCCGCTAAACAGATCGCCGCTAAGTTGCACCGTAGAAGTGTCTTCATGTTGAGCCAGTTGCCCCGCTGCTGTGTAATGATAATCTCCGCCGATAACACGTAAATTCAGCGTCTGACCATCGCCACCTGCGTGATCGCGTCGCTCCATCATAAACGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAGATAACCGCCa > 2:1129794/1‑285 (MQ=255) cgAGTTCCGGTCATATTCGAC‑CGGCTGTCGCCCTGGTTATCGCTGTAGCCACCAACAATCCCAAGCATCCACTCGCCATCCGTGCCCCAGCGCCCGCTAAACAGATCGCCGCTAAGTTGCACCGTAGAAGTGTCTTCATGTTGAGCCAGTTGCCCCGCTGCTGTGTAATGATAATCTCCGCCGATAACACGTAAATTCAGCGTCTGACCATCGCCACCTGCGTGATCGCGTCGCTCCATCATAAACGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAGATAACCGCCAACtt < 1:136551/289‑1 (MQ=255) cGGTCATATTCGAG‑CGGCTGTCGCCCTGGTTATCGCTGTAGCCACCAACAATCCCAAGCATCCACTCGCCATCCGTGCCCCAGCGCCCGCTAAACAGATCGCCGCTAAGTTGCACCGTAGAAGTGTCTTCATGTTGAGCCAGTTGCCCCGCTGCTGTGTAATGATAATCTCCGCCGATAACACGTAAATTCAGCGTCTGACCATCGCCACCTGCGTGATCGCGTCGCTCCATCATAAACGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAGATAACCGCCAACTTTGGCAtt < 1:1309068/289‑1 (MQ=255) ||| CTGCTGCACGCCCTGATAAATCACCTGCGCCTGCGGTTCAATCACCACACCACGCCCCGGTA‑‑ACCACTGATACCCCGCCTCCAGGCTGGCGATAAT‑CCCGCTGCTGTGGTAATGATCTGTGCCATCTTCTTGTTCGGAAACATCATTGCTAAACCACGCGTATTGCAGCCAGCTATCCAGCCAGGCCCCTTGCTTCTGATTACCGTGCTGAAACCAGCTACTTGTCAGCCCAACGGCATAACCGTGGTTCTGGTTATCGGCGCGAGTTCCGGTCATATTGCTG‑CGGCTGTCGCCCTGGTTATCGCTGTAGCCACCAACAATCCCAAGCATCCACTCGCCATCCGTGCCCCAGCGCCCGCTAAACAGATCGCCGCTAAGTTGCACCGTAGAAGTGTCTTCATGTTGAGCCAGTTGCCCCGCTGCTGTGTAATGATAATCTCCGCCGATAACACGTAAATTCAGCGTCTGACCATCGCCACCTGCGTGATCGCGTCGCTCCATCATAAACGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAGATAACCGCCAACTTTGGCATT > CP042583/1912009‑1912566 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |