| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,914,838 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,914,838 | 0 | A | T | 100.0% | 364.2 / NA | 152 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (93/59); total (93/59) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,914,839 | 0 | C | G | 98.7% | 356.5 / NA | 152 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (93/57); minor base T (0/2); total (93/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,914,840 | 0 | T | A | 99.3% | 358.7 / NA | 152 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (92/59); total (93/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
CCCGCCGCAGAGGAAGGACCATCTCCATAGCCTGCTGCGCTATTGTTCTCATCGACTAACACGCCTCCGTTCTGGCTGTAGCTGTCATCAACAGAAATATCAATAAGATAGGGAGCCGTCACGCTATTGGTATATATCGCCCCGCCATAACCTTCGGCAGTGTTATTTGTAAAGGCAGTGTTATTTACTATCGTATAACCACTAGGATGCTTGCTGTCGCTATTATTATCGGTAACATCGATTGCCCCGCCATCGCCATCACTGTAACTTGTACTTGTATATGCCTGGTTGTTATCAAAAATAACATCACTTAAATAAACGTCATTATTAATGGTATAAATTGCGCCACCTTTGCCATCATTAGCGATGTTATTGCGAAACATGGCGTTAGTGACACGTAAATCGACGGCACCAGTATCGTTAGTACCAGAAGAATAGATTGCGCCACCATAGCCGCCTGCGACGTTACCGGAAAAAATAACATCAGTAAGATTCAGCGTACTGTTTTCTTTAGCAAATATGGCCCCGCCGTTATTATATTCTCCTGTAAC > CP042583/1914566‑1915116 ||| cccGCCGCAGAGGAAGGACCATCTCCATAGCCTGCTGCGCTATTGTTCTCATCGACTAACACGCCTCCGTTCTGGCTGTAGCTGTCATCAACAGAAATATCAATAAGATAGGGAGCCGTCACGCTATTGGTATATATCGCCCCGCCATAACCTTCGGCAGTGTTATTTGTAAAGGCAGTGTTATTTACTATCGTATAACCTGAAGGATGCTTGCTGTCGCTATTATTATCGGTAACATCGATTGCCCCGCCATCGCCATCACTGTAACTTGTTGATGTATATGCCTGgt > 1:110209/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |