Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,918,197 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,918,197 | 0 | A | T | 99.7% | 677.7 / ‑5.6 | 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,918,198 | 0 | G | C | 99.7% | 670.2 / NA | 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (144/139); total (144/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,918,199 | 0 | C | G | 99.3% | 669.0 / NA | 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (142/140); minor base T (2/0); total (144/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
GGGAAGCTCTGCGTGAGAGTATCAAAACGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTAGCCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGAGCAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑AGCATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGAGTCGCTTCCCGAGTGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGACGCACAAGACGATCTGGTGCCGAGTATCCAGGACGATGGCTGCGAAAGCGGCGCATGTAAGATCTGATATTGAGATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACGGCTCGGTTTGTAGGCCTGATAA > CP042583/1917919‑1918475 ||| gggAAGCTCTGCGTGAGTCAATCAAAACGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTg > 1:584569/1‑288 (MQ=255) 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attcAGATATTTATCGTTCGG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGAGCCGTCTCGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGTGTCAAATCACTGTATTATCAGAACGCCCGTGACGGCGCTGAAGACGCACAAGGCGATCTGGTGCCGTCAATCCAGGACGATGGCTGCGAAAGCGGCGCATGTAAGATCTGATATTGAGATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACGGCTCGGTTTGt < 2:1842213/286‑1 (MQ=255) tGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAACCACTGTATTATCAGAACACCCGTTACGGCGCTGAAGACGCACAAGACGATCTGGTGCCGTCAATCCAGGACGACGGCTGCGAAAGCGGCGCATGTAAGATCTGATATTGAGATGCCGGATGCGGCGCAAACGCCTTATCCGCCCTACGGCTCGGTTCGTa > 2:1424296/1‑289 (MQ=255) tGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGACGCACAAGACGATCTGGTGCCGTCAATCCAGGACGATGGCTGCGAAAGCGGCGCATGTACGATCTGATATTGAGATGCCGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCGGCCTACGGCTCGGTTTGTa > 1:342271/1‑289 (MQ=255) tGCAGAAATTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGACGCACAAGACGATCTGGTGCCGTCAATCCAGGACGATGGCTGCGAAAGCGGCGCATGTAAGATCTGATATTGAGATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACGGCTCGGTTTGTa < 1:71001/289‑1 (MQ=255) aaTTTATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGACGCACAAGACGATCTGGTGCCGTCAATCCAGGACGATGGCTGCGAAAGCGGCGCATGTAAGATCTGATATTGAGATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACGGCTCGGTTTGTAGGc < 1:1876947/286‑1 (MQ=255) tATCGATCAG‑TCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGACGCACAAGACGATCTGGTGCCGTCAATCCAGGACGATGGCTGCGAAAGCGGCGCATGTAAGATCTGATATTGAGATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACGGCTCGGTTTGTAGGCCTGATaa > 1:959174/1‑289 (MQ=255) ||| GGGAAGCTCTGCGTGAGAGTATCAAAACGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTAGCCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGAGCAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCC‑TATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAG‑AGCATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGAGTCGCTTCCCGAGTGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGACGCACAAGACGATCTGGTGCCGAGTATCCAGGACGATGGCTGCGAAAGCGGCGCATGTAAGATCTGATATTGAGATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACGGCTCGGTTTGTAGGCCTGATAA > CP042583/1917919‑1918475 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |