Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,918,239 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,918,239 | 0 | A | T | 99.3% | 683.4 / NA | 289 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.46e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,918,240 | 0 | G | C | 100.0% | 695.3 / NA | 289 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (143/146); total (143/146) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,918,241 | 0 | T | A | 98.6% | 682.0 / NA | 289 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (140/145); minor base C (3/1); total (143/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.67e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
ACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTAGCCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGAGCAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGAGCATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGAGTCGCTTCCCGAGTGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGACGCACAAGACGATCTGGTGCCGAGTATCCAGGACGATGGCTGCGAAAGCGGCGCATGTAAGATCTGATATTGAGATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACGGCTCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCTCCGGGTGCCGGATGCA > CP042583/1917961‑1918515 ||| aCTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGt > 1:1456739/1‑289 (MQ=255) 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tcacGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGACGCACAAGACGATCTGGTGCCGTCAATCCAGGACGATGGCTGCGAAAGCGGCGCATGTAAGATCTGATATTGAGATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACGGCTCGGTTTg > 2:802920/4‑237 (MQ=255) tcacGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGACGCACAAGACGATCTGGTGCCGTCAATCCAGGACGATGGCTGCGAAAGCGGCGCATGTAAGATCTGATATTGAGATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACGGCTCGGTTTg < 1:802920/234‑1 (MQ=255) cacGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGACGCACAAGACGATCTGGTGCCGTCAATCCAGGACGATGGCTGCGAAAGCGGCGCATGTAAGATCTGATATTGAGATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACGGCTCg < 2:135221/229‑1 (MQ=255) cacGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGACGCACAAGACGATCTGGTGCCGTCAATCCAGGACGATGGCTGCGAAAGCGGCGCATGTAAGATCTGATATTGAGATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACGGCTCg > 1:135221/3‑231 (MQ=255) cacGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGACGCACAAGACGATCTGGTGCCGTCAATCCAGGACGATGGCTGCGAAAGCGGCGCATGTAAGATCTGATATTGAGATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACGGCTCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGGCGCATCATGTTCCGGGGCCCGGATGCa > 2:1341427/3‑288 (MQ=255) cacGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGACGCACAAGACGATCTGGTGCCGTCAATCCAGGACGATGGCTGCGAAAGCGGCGCATGTAAGATCTGATATTGAGATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACGGCTCGGTTTGGTGGCCAGAGAAGACGCGCCAGCGTCTCATCATGCCACGGTTGCCGGAttag > 2:1160443/3‑285 (MQ=255) ||| ACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTAGCCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGAGCAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGAGCATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGAGTCGCTTCCCGAGTGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGACGCACAAGACGATCTGGTGCCGAGTATCCAGGACGATGGCTGCGAAAGCGGCGCATGTAAGATCTGATATTGAGATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACGGCTCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCTCCGGGTGCCGGATGCA > CP042583/1917961‑1918515 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |