Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,928,544 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,928,544 | 0 | A | T | 99.6% | 617.5 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (127/137); total (128/138) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,928,545 | 0 | G | C | 98.9% | 611.8 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (125/137); minor base T (2/1); total (128/138) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.09e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,928,546 | 0 | C | G | 99.2% | 613.6 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (126/137); total (128/138) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.32e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
AACCACTGCGCAAGCTTTGCAACCTGCAAACCTTACGCCTGGAACCCACTAGTTTTATTGAAAAAAGTTTACGCGCTTACTACAGCGATGTTTTGTGGTCCGTGGAAACCAGCGACGGTGACGGCTATATCTACTGCGTGATTGAACATCAAAGCTCTGCAGAAAAGAATATGGCTTTTCGGCTAATGCGCTATGCCACTGCCGCCATGCAGCGTCACCAGGACAAAGGCTATGACAGAGTCCCGCTGGTGGTGCCGTTGCTGTTTTATCATGGCGAAACCAGCCCTTACCCGTACAGTCTCAACTGGCTGGATGAGTTTGACGATCCGCAACTTGCCCGGCAGTTGTACACCGAAGCTTTTCTGTTGGTGGATATCACCATCGTACCTGACGATGAGATCATGCAACATCGGCGTATAGCTCTGCTGGAACTGATTCAAAAGCATATTCGCGACCGCGATTTAATCGGCATGGTCGACAGGATCACCACGCTTTTGGTTAGAGGCTTCACTAATGACAGCCAGCTACAAACACTGTTTAATTATCTGCTGCAATGCGGCGA > CP042583/1928263‑1928824 ||| aaCCACTGCGCAAGCTTTGCAACCTGCAAACCTTACGCCTGGAACCCACTAGTTTTATTGAAAAAAGTTTACGCGCTTACTACTCGGATGTTTTGTGGTCCGTGGAAACCAGCGACGGTGACGGCTATATCTACTGCGTGATTGAACATCAAAGCTCTGCAGAAAAGAATATGGCTTTTCGGCTAATGCGCTATGCCACTTCCGCCATGCAGCGTCACCAGGACAAAGGCTATGACAGAGTCCCGCTGGTGGTGCCGTTGCTGTGTTAATATGGCGAAACCTGGCCtt > 2:525275/1‑288 (MQ=255) cTGCGCAAGCTTTGCAACCTGCAAACCTTACGCCTGGAACCCACTAGTTTTATTGAAAAAAGTTTACGCGCTTACTACTCGGATGTTTTGTGGTCCGTGGAAACCAGCGACGGTGACGGCTATATCTACTGCGTGATTGAACATCAAAGCTCTGCAGAAAAGAATATGGCTTTTCGGCTAATGCGCTATGCCACTGCCGCCATGCAGCGTCACCAGGACAAAGGCTATGACAGAGTCCCGCTGGTGGTGCCGTTGCTGTTTTATCATGGCGAAACCTCGCCTTACCCGt > 1:1329767/1‑289 (MQ=255) cTGCGCAAGCTTTGCAACCTGCAAACCTTACGCCTGGAACCCACTAGTTTTATTGAAAAAAGTTTACGCGCTTACTACTCGGATGTTTTGTGGTCCGTGGAAACCAGCGACGGTGACGGCTATATCTACTGCGTGATTGAACATCAAAGCTCTGCAGAAAAGAATATGGCTTTTCGGCTAATGCGCTATGCCACTGCCGCCATGCAGCGTCACCAGGACAAAGGCTATGACAGAGTCCCGCTGGTGGTGCCGTTGCTGTTTTATCATGGCGAAACCTCGCCTTACCCGt > 1:555374/1‑289 (MQ=255) cTGCGCAAGCTTTGCAACCTGCAAACCTTACGCCTGGAACCCACTAGTTTTATTGAAAAAAGTTTACGCGCTTACTACTCGGATGTTTTGTGGTCCGTGGAAACCAGCGACGGTGACGGCTATATCTACTGCGTGATTGAACATCAAAGCTCTGCAGAAAAGAATATGGCTTTTCGGCTAATGAGCTATGCCACTGCCGCCATGCAGCGTCACCAGGACAAAGGCTATGACAGAGTCCCGCTGGTGGTGCCGTTGCTGTTTTATCATGGCGAAACCTCGCCTTACCCGt > 2:1804114/1‑289 (MQ=255) atGCGCAAGCATTGCAACCTGCAAACCTTACGCCTGGATCCCACTAGTTTGATTGAAAAAAGTTTACGCGCTTACTACTCGGATGTTTTGTGGTCCGTGGAAACCAGCGACGGTGACGGCTATATCTACTGCGTGATTGAACATCAAAGCTCTGCAGAAAAGAATATGGCTTTTCGGCTAATGCGCTATGCCACTGCCGCCATGCAGCGTCACCAGGACAAAGGCTATGACAGAGTCCCGCTGGTGGTGCCGTTGCTGTTTTATCATGGCGAAACCTCGCCTTACCCGt < 1:969266/288‑1 (MQ=255) ggaaGCTTTGCAACCTGCAAACCGACAGCCGGGAACCCACTAGTTTTATTGAAAAAAGTTTACGGGGTTACTACTCGGATGTTTTGTGGTCCGTGGAAACCAGCGACGGTGACGGCTATATCTACTGCGTGATTGAACATCAAAGCTCTGCAGAAAAGAATATGGCTTTGCGGCTAATGCGCTATGCCACTGCCGCCATGCAGCGTCACCAGGACAAAGGCTATGACAGAGTCCCGCTGGTGGTGCCGTTGCTGTTTTATCATGGCGAAACCTCGCCTTACCCGt < 2:1224565/283‑1 (MQ=255) gCTTTGCAACCTGCAAACCTTACGCCTGGAACCCACTAGTTTTATTGAAAAAAGTTTACGCGCTTACTACTCGGATGTTTTGTGGTCCGTGGAAACCAGCGACGGTGACGGCTATATCTACTGCGTGATTGAACATCAAAGCTCTGCAGAAAAGAATATGGCTTTTCGGCTAATGCGCTATGCCACTGCCGCCATGCAGCGTCACCAGGACAAAGGCTATGACAGAGTCCCGCTGGTGGTGCCGTTGCTGTTTTATCATGGCGAAACCTCGCCTTACCCGTActcactc > 1:1798989/1‑283 (MQ=255) 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gCAAACCTTACGCCTGGAACCCACTAGTTTTATTGAAAAAAGTTTACGCGCTTACTACTCGGATGTTTTGTGGTCCGTGGAAACCAGCGACGGTGACGGCTATATCTACTGCGTGATTGAACATCAAAGCTCTGCAGAAAAGAATATGGCTTTTCGGCTAATGCGCTATGCCACTGCCGCCATGCAGCGTCACCAGGACAAAGGCTATGACAGAGTCCCGCTGGTGGTGCCGTTGCTGTTTTATCATGGCGAAACCTCGCCTTACCCGTACTCACTCAACTGGCTGGAt < 1:322825/289‑1 (MQ=255) gCAAACCTTACGCCTGGAACCCACTAGTTTTATTGAAAAAAGTTTACGCGCTTACTACTCGGATGTTTTGTGGTCCGTGGAAACCAGCGACGGTGACGGCTATATCTACTGCGTGATTGAACATCAAAGCTCTGCAGAAAAGAATATGGCTTTTCGGCTAATGCGCTATGCCACTGCCGCCATGCAGCGTCACCAGGACAAAGGCTATGACAGAGTCCCGCTGGTGGTGCCGTTGCTGTTTTATCATGGCGAAACCTCGCCTTACCCGTACTCACTCAACTGGCTGGAt > 1:1468966/1‑289 (MQ=255) gCAAACCTTACGCCTGGAACCCACTAGTTTTATTGAAAAAAGTTTACGCGCTTACTACTCGGATGTTTTGTGGTCCGTGGAAACCAGCGACGGTGACGGCTATATCTACTGCGTGATTGAACATCAAAGCTCTGCAGAAAAGAATATGGCTTTTCGGCTAATGCGCTATGCCACTGCCGCCATGCAGCGTCACCAGGACAAAGGCTATGACAGAGTCCCGCTGGTGGTGCCGTTGCTGTTTTATCATGGCGAAACCTCGCCTTACCCGTACTCACTCAACTGGCTGGAt < 2:302448/289‑1 (MQ=255) 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cTTACTACTCGGATGTTTTGTGGTCCGTGGAAACCAGCGACGGTGACGGCTATATCTACTGCGTGATTGAACATCAAAGCTCTGCAGAAAAGAATATGGCTTTTCGGCTAATGCGCTATGCCACTGCCGCCATGCAGCGTCACCAGGACAAAGGCTATGACAGAGTCCCGCTGGTGGTGCCGTTGCTGTTTTATCATGGCGAAACCTCGCCTTACCCGTACTCACTCAACTGGCTGGATGAGTTTGACGATCCGCAACTTGCCCGGCAGTTGTACACCGAAGCTTTTc < 2:1364521/288‑1 (MQ=255) tactactcggATTTTTTGTGGTCCGTGGAAACCAGCGACGGTGACGGCTATATCTACTGCGTGATTGAACATCAAAGCTCTGCAGAAAAGAATATGGCTTTTCGGCTAATGCGCTATGCCACTGCCGCCATGCAGCGTCACCAGGACAAAGGCTATGACAGAGTCCCGCTGGTGGTGCCGTTGCTGTTTTATCATGGCGAAACCTCGCCTTACCCGTACTCACTCAACTGGCTGGATGAGTTTGACGATCCGCAACTTGCCCGGCAGTTGTACACCGAAGCTTTTCTGt < 2:1546412/280‑1 (MQ=255) tactactcggATGTTTTGTGGTCCGTGGAAACCAGCGACGGTGACGGCTATATCTACTGCGTGATTGAACATCAAAGCTCTGCAGAAAAGAATATGGCTTTTCGGCTAATGCGCTATGCCACTGCCGCCATGCAGCGTCACCAGGACAAAGGCTATGACAGAGTCCCGCTGGTGGTGCCGTTGCTGTTTTATCATGGCGAAACCTCGCCTTACCCGTACTCACTCAACTGGCTGGATGAGTTTGACGATCCGCAACTTGCCCGGCAGTTGTACACCGAAGCTTTTCTGt < 2:1902402/280‑1 (MQ=255) tactcggATGTTTTGTGGTCCGTGGAAACCAGCGACGGTGACGGCTATATCTACTGCGTGATTGAACATCAAAGCTCTGCAGAAAAGAATATGGCTTTTCGGCTAATGCGCTATGCCACTGCCGCCATGCAGCGTCACCAGGACAAAGGCTATGACAGAGTCCCGCTGGTGGTGCCGTTGCTGTTTTATCATGGCGAAACCTCGCCTTACCCGTACTCACTCAACTGGCTGGATGAGTTTGACGATCCGCAACTTGCCCGGCAGTTGTACACCGAAGCTTTTCTGTtgg < 1:15800/283‑1 (MQ=255) cggATGTTTTGTGGTCCGTGGAAACCAGCGACGGTGACGGCTATATCTACTGCGTGATTGAACATCAAAGCTCTGCAGAAAAGAATATGGCTTTTCGGCTAATGCGCTATGCCACTGCCGCCATGCAGCGTCACCAGGACAAAGGCTATGACAGAGTCCCGCTGGTGGTGCCGTTGCTGTTTTATCATGGCGAAACCTCGCCTTACCCGTACTCACTCAACTGGCTGGATGAGTTTGACGATCCGCAACTTGCCCGGCAGTTGTACACCGAAGCTTTTCTGTTGGTGGa > 2:391188/3‑289 (MQ=255) gATGTTTTGTGGTCCGTGGAAACCAGCGACGGTGACGGCTATATCTACTGCGTGATTGAACATCAAAGCTCTGCAGAAAAGAATATGGCTTTTCGGCTAATGCGCTATGCCACTGCCGCCATGCAGCGTCACCAGGACAAAGGCTATGACAGAGTCCCGCTGGTGGTGCCGTTGCTGTTTTATCATGGCGAAACCTCGCCTTACCCGTACTCACTCAACTGGCTGGATGAGTTTGACGATCCGCAACTTGCCCGGCAGTTGTACACCGAAGCTTTTCTGTTGGTGGata > 2:1174140/1‑289 (MQ=255) 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ggCGAAACCTCGCCTTACCCGTACTCACTCAACTGGCTGGATGAGTTTGACGATCCGCAACTTGCCCGGCAGTTGTACACCGAAGCTTTTCTGTTGGTGGATATCACCATCGTACCTGACGATGAGATCATGCAACATCGGCGTATAGCTCTGCTGGAACTGATTCAAAAGCATATTCGCGACCGCGATTTAATCGGCATGGTCGACAGGATCACCACGCTTTTGGTTAGAGGCTTCACTAATGACAGCCAGCTACAAACACTGTTTAATTATCTGCTGCAATgcggcg < 1:498841/289‑1 (MQ=255) gCGAAACCTCGCCTTACCCGTACTCACTCAACTGGCTGGATGAGTTTGACGATCCGCAACTTGCCCGGCAGTTGTACACCGAAGCTTTTCTGTTGGTGGATATCACCATCGTACCTGACGATGAGATCATGCAACATCGGCGTATAGCTCTGCTGGAACTGATTCAAAAGCATATTCGCGACCGCGATTTAATCGGCATGGTCGACAGGATCACCACGCTTTTGGTTAGAGGCTTCACTAATGACAGCCAGCTACAAACCCTGTTTAATTATCTGCTGCAAGtcggcta > 2:1317280/1‑287 (MQ=255) gCGAAACCTCGCCTTACCCGTACTCACTCAACTGGCTGGATGAGTTTGACGATCCGCAACTTGCCCGGCAGTTGTACACCGAAGCTTTTCTGTTGGTGGATATCACCATCGTACCTGACGATGAGATCATGCAACATCGGCGTATAGCTCTGCTGGAACTGATTCAAAAGCATATTCGCGACCGCGATTTAATCGGCATGGTCGACAGGATCACCACGCTTTTGGTTAGAGGCTTCACTAATGACAGCCAGCTACAAACACTGTTTAATTATCTGCTGCAATGCGGCGa > 2:1403731/1‑289 (MQ=255) ||| AACCACTGCGCAAGCTTTGCAACCTGCAAACCTTACGCCTGGAACCCACTAGTTTTATTGAAAAAAGTTTACGCGCTTACTACAGCGATGTTTTGTGGTCCGTGGAAACCAGCGACGGTGACGGCTATATCTACTGCGTGATTGAACATCAAAGCTCTGCAGAAAAGAATATGGCTTTTCGGCTAATGCGCTATGCCACTGCCGCCATGCAGCGTCACCAGGACAAAGGCTATGACAGAGTCCCGCTGGTGGTGCCGTTGCTGTTTTATCATGGCGAAACCAGCCCTTACCCGTACAGTCTCAACTGGCTGGATGAGTTTGACGATCCGCAACTTGCCCGGCAGTTGTACACCGAAGCTTTTCTGTTGGTGGATATCACCATCGTACCTGACGATGAGATCATGCAACATCGGCGTATAGCTCTGCTGGAACTGATTCAAAAGCATATTCGCGACCGCGATTTAATCGGCATGGTCGACAGGATCACCACGCTTTTGGTTAGAGGCTTCACTAATGACAGCCAGCTACAAACACTGTTTAATTATCTGCTGCAATGCGGCGA > CP042583/1928263‑1928824 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |