Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,928,868 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,928,868 | 0 | A | T | 100.0% | 502.4 / NA | 210 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,928,869 | 0 | G | C | 99.5% | 491.5 / NA | 210 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (98/110); total (98/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,928,870 | 0 | T | A | 99.0% | 495.5 / NA | 210 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (97/110); minor base C (1/1); total (98/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
CCGCAACTTGCCCGGCAGTTGTACACCGAAGCTTTTCTGTTGGTGGATATCACCATCGTACCTGACGATGAGATCATGCAACAT‑CGGCGTATAGCTCTGCTGGAACTGATTCAAAAGCATATTCGCGACCGCGATTTAATCGGCATGGTCGACAGGATCACCACGCTTTTGGTTAGAGGCTTCACTAATGACAGCCAGCTACAAACACTGTTTAATTATCTGCTGCAATGCGGCGATACCTCCCGTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTAGTCCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGC > CP042583/1928589‑1929147 ||| ttGCCCGGCAGTTGTACACCGAAGCTTTTCTGTTGGTGGATATCACCATCGTACCTGACGATGAGATCATGCAACAT‑CGGCGTATAGCTCTGCTGGAACTGATTCAAAAGCATATTCGCGACCGCGATTTAATCGGCATGGTCGACAGGATCACCACGCTTTTGGTTAGAGGCTTCACTAATGACAGCCAGCTACAAACACTGTTTAATTATCTGCTGCAATGCGGCGATACCTCCCGTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGga < 1:1014218/289‑1 (MQ=255) tGCCCGGCAGTTGTACACCGAAGCTTTTCTGTTGGTGGATATCACCATCGTACCTGACGATGAGATCATGCAACAT‑CGGCGTATAGCTCTGCTGGAACTGATTCAAAAGCATATTCGCGACCGCGATTTAATCGGCATGGTCGACAGGATCACCACGCTTTTGGTTAGAGGCTTCACTAATGACAGCCAGCTACAAACACTGTTTAATTATCTGCTGCAATGCGGCGATACCTCCCGTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGgag < 1:65373/289‑1 (MQ=255) gCCCGGCAGTTGTACACCGAAGCTTTTCTGTTGGTGGATATCACCATCGTACCTGACGATGAGATCATGCAACAT‑CGGCGTATAGCTCTGCTGGAACTGATTCAAAAGCATATTCGCGACCGCGATTTAATCGGCATGGTCGACAGGATCACCACGCTTTTGGTTAGAGGCTTCACTAATGACAGCCAGCTACAAACACTGTTTAATTATCTGCTGCAATGCGGCGATACCTCCCGTTTCACCCGTGTTATTTAGGGGATTGCAGAACGTTCACCACTACAAAAGgaga > 2:606833/1‑289 (MQ=255) ccGGCAGTTGTACACCGAAGCTTTTCTGTTGGTGGATATCACCATCGTACCTGACGATGAGATCATGCAACAT‑CGGCGTATAGCTCTGCTGGAACTGATTCAAAAGCATATTCGCGACCGCGATTTAATCGGCATGGTCGACAGGATCACCACGCTTTTGGTTAGAGGCTTCACTAATGACAGCCAGCTACAAACACTGTTTAATTATCTGCTGCAATGCGGCGATACCTCCCGTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGgagaga < 2:1456336/289‑1 (MQ=255) 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tACCTGACGATGAGATCATGCAACAT‑CGGCGTATAGCTCTGCTGGAACTGATTCAAAAGCATATTCGCGACCGCGATTTAATCGGCATGGTCGACAGGATCACCACGCTTTTGGTTAGAGGCTTCACTAATGACAGCCAGCTACAAACACTGTTTAATTATCTGCTGCAATGCGGCGATACCTCCCGTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATtg > 1:563860/1‑288 (MQ=255) agatGACGATGTGATCATGC‑ACATACGGCGAAAAGCTATGCGGAAACTGATTCAAAAGCAGATTCGTGACCGCGATTTAATCGGCATGGTCGACAGGATCACCACGCTTTTGGTTAGAGGCTTCACTAATGACAGCCAGCTACAAACACTGTTTAATTATCTGCTGCAATGCGGCGATACCTCCCGTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTAGTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATtggc < 2:1730432/286‑1 (MQ=255) aCCTGACGATGAGATCATGCAACAT‑CGGCGTATAGCTCTGCTGGAACTGATTCAAAAGCATATTCGCGACCGCGATTTAATCGGCATGGTCGACAGGATCACCACGCTTTTGGTTAGAGGCTTCACTAATGACAGCCAGCTACAAACACTGTTTAATTATCTGCTGCAATGCGGCGATACCTCCCGTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATtggc < 2:1874705/289‑1 (MQ=255) 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tttAGTGAGGAGATTGCCGAACGTTGACCGCTACAAAAGGAAAGATTAATGCCTAATGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGAATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGCATGAACAAGCCAGTAAAATTGCTTTGCGCATGATGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATCGTGCTGGCGACCACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGt < 2:738266/288‑1 (MQ=39) aTTGAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGCATGAACAAGCCATTAAAATAGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGGGAGTTTGTGCTTGCTACAACCCAACTCACTGATGATGATATTCAGAACTGTCATTAAAAGGAGAGAATAATGACTATTGATGACCAGCGGCGGCAGGAAAGAAACCAAATTGGCTGGCACGAAgggtaaa > 2:1387703/1‑284 (MQ=255) aTTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGtt > 1:1339682/1‑289 (MQ=255) tGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGCATGAACAAGCGAGTAAAATTGCTTTGCGAATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACCGAAGCTGATATGCCGAACGATCATTAAAAGGAGACATAAATGCTAACTCGTGACGGACTGCGGCAAGACGGACACGAAGATGAGTCACAGGAAGGTCAATGAGAGGGttt > 2:683789/1‑288 (MQ=21) tGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGGGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGATGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACAGCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAg > 1:1188777/1‑284 (MQ=255) ||| CCGCAACTTGCCCGGCAGTTGTACACCGAAGCTTTTCTGTTGGTGGATATCACCATCGTACCTGACGATGAGATCATGCAACAT‑CGGCGTATAGCTCTGCTGGAACTGATTCAAAAGCATATTCGCGACCGCGATTTAATCGGCATGGTCGACAGGATCACCACGCTTTTGGTTAGAGGCTTCACTAATGACAGCCAGCTACAAACACTGTTTAATTATCTGCTGCAATGCGGCGATACCTCCCGTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTAGTCCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGC > CP042583/1928589‑1929147 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |