Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 447,225 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 447,225 | 0 | A | T | 99.5% | 435.0 / NA | 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.12e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 447,226 | 0 | G | C | 98.9% | 420.7 / NA | 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (109/73); total (110/77) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.65e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 447,227 | 0 | C | G | 99.5% | 435.4 / NA | 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (110/76); total (110/77) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.12e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
CAGGCAAAAAAATATAGTTAGAATTTATTTGATAATCCGCTCACTTTTAACCTGATTTTTAAAACAACAACGCTTATTAAAAAATAATGAGTAATAGCCTGGTGGTTATTTGAATTCTTTTGTTAATAATTCCTGTGTGATATTCATCACCTTATTTACTCGTTGTCATCGATACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATAGC‑GTCAGTTTAATGATTATTAGTCGAAAACTCAG‑CGAAAGTGAAAA‑TGTTGATGATGTTTCCGTAATGATGGGTACGCCCGCCAATAAAGCGTTATTAGATACCACAGGTTTCTGGCATGACGATTTTAATAACGCCACGCCGAACGATATTTGCGTGGCAATTCGTAGCGAAGCGGCGGATGCGGGGATCGCGCAGGCGATTATGCAGCAGCTTGAAGA‑GGCGCTAAAACAACTGGCGCAGGGGAGTGGCAGCAGCCAGGCGTTGACGCAGGTGCGTCGC > CP042583/446949‑447506 ||| cAGGCAAAAAAATATAGTTAGAATTTATTTGATAATCCGCTCACTTTTAACCTGATTTTTAAAACAACAACGCTTATTAAAAAATAATGAGTAATAGCCTGGTGGTTATTTGAATTCTTTTGTTAATAATTCCTGTGTGATATTCATCACCTTATTTACTCGTTGTCATCGATACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCG‑GTCAGTTTaa > 2:1487474/1‑289 (MQ=255) 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CAGGCAAAAAAATATAGTTAGAATTTATTTGATAATCCGCTCACTTTTAACCTGATTTTTAAAACAACAACGCTTATTAAAAAATAATGAGTAATAGCCTGGTGGTTATTTGAATTCTTTTGTTAATAATTCCTGTGTGATATTCATCACCTTATTTACTCGTTGTCATCGATACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATAGC‑GTCAGTTTAATGATTATTAGTCGAAAACTCAG‑CGAAAGTGAAAA‑TGTTGATGATGTTTCCGTAATGATGGGTACGCCCGCCAATAAAGCGTTATTAGATACCACAGGTTTCTGGCATGACGATTTTAATAACGCCACGCCGAACGATATTTGCGTGGCAATTCGTAGCGAAGCGGCGGATGCGGGGATCGCGCAGGCGATTATGCAGCAGCTTGAAGA‑GGCGCTAAAACAACTGGCGCAGGGGAGTGGCAGCAGCCAGGCGTTGACGCAGGTGCGTCGC > CP042583/446949‑447506 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |