| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,937,532 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,937,532 | 0 | A | T | 99.1% | 552.3 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (112/119); minor base G (1/1); total (113/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,937,533 | 0 | G | C | 99.6% | 547.7 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (112/120); minor base T (1/0); total (113/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,937,534 | 0 | T | A | 100.0% | 554.7 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (113/120); total (113/120) | |||||||||||
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
GGTTCTCGAATCCGGTTGGATCACAACCGGTCCGAAGAATCAGGCGCTTGAGCAAGCTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTAGTGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTAGTACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGAGTGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGTGCGCCAGCAGATATTGACGCCATTCGCGCCATTGGCGAACGTTACGGCATCGCAGTTATCGAAGATGCTGCCCATGCCGTCGGTACGTATTACAAAGGGCGACATATTGGCGCAAAAGGTACCGCTATTTTTAGTTTTCATGCCATTAAAAATATTACCTGTGCTGAAGGTGGCCTGATTGTAACTGATAATGAAAACCTTGCCCGCCAGCTACGGATGCTGAAATTTCAC > CP042583/1937252‑1937813 ||| gTTCTCGAATCCGGTTGGATCACAACCGGTCCGAAGAATCAGGCGCTTGAGCAAGCTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCAtt > 2:236819/1‑288 (MQ=255) gTTCTCGAATCCGGTTGGATCACAACCGGTCCGAAGAATCAGGCGCTTGAGCAAGCTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTa > 2:1398993/1‑289 (MQ=255) gTTCTCGAATCCGGTTGGATCACAACCGGACCGAAGAATCAGGCGCTTGAGCAAGCTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAAAGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCATGCCTGAAGCTATTGAGTCAGCCAtt > 1:802786/1‑288 (MQ=255) cggttgaggccaaaCCCGGCCGAAGAAGCAGGCGCTTGAGCAAGCTTTTGGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACt < 2:1036717/277‑1 (MQ=255) 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aagaaTCAGGCGCTTGAGCAAGCTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTCTGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCCATCGAGGTAGCCATCACGCCCCGCACTAAAGCCATCCTTCCGGTGCAtt > 2:1027656/1‑289 (MQ=255) gcgcTTGAGCAAGCTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGt > 2:157751/1‑288 (MQ=255) gcTTGAGCAAGCTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGTgcg < 1:375383/289‑1 (MQ=255) atggAGCAAGCTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCGGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGTgcg < 2:503406/285‑1 (MQ=255) ttGAGCAAGCTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCTTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCgg < 2:1789767/270‑1 (MQ=255) ttGAGCAAGCTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGTGCGcc < 1:386333/289‑1 (MQ=255) 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gCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGTGCGCCAGCAGATATTGACGCCATTCGCGCCATTGGCGAACGtt > 1:875764/1‑289 (MQ=255) ccATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAACTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGTGCGCCAGCAGATATTGACGCCATTCGCGCCATTGGCGAACGTTa < 1:657234/289‑1 (MQ=255) cATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGTGCGCCAGCAGATATTGACGCCATTCGCGCCATTGGCGAACGTTAc > 1:1420614/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |