Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,939,613 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,939,613 | 0 | A | T | 97.9% | 545.9 / NA | 235 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (115/114); minor base G (0/5); total (115/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.00e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,939,614 | 0 | G | C | 99.6% | 542.3 / NA | 235 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (114/119); total (115/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,939,615 | 0 | C | G | 98.7% | 536.0 / NA | 235 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); major base G (112/118); minor base T (1/2); total (115/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
TGCCTCGGTATTGAAGCCCTGCTGGCTGCCGGTTACGAAATTAGCGCCATTTTTACCCATACTGATAATCCCGGTGAAAAAGCCTTTTATGGTAGCGTGGCTCGTCTGGCGGCGGAAAGAGGCATTCCGGTTTATGCGCCGGATAACGTTAATCATCCGCTGTGGGTGGAACGCATTGCCCAACTGAGCCCAGATGTGATTTTCTCTTTTTATTATCGCCATCTTATTTACGACGAAATTTTGCAGCTCGCTCCCGCAGGTGCATTTAATCTGCATGGTAGCCTGTTACCAAAATATCGTGGTCGCGCGCCGCTGAACTGGGTGCTGGTCAACGGTGAAACGGAAACTGGCGTTACATTGCACCGAATGGTGAAACGTGCCGATGCCGGGGCCATTGTGGCGCAACTGCGCATTGCCATTGCGCCAGACGATATCGCTATTACGCTGCATCATAAATTGTGCCATGCCGCGCGCCAGCTACTGGAACAGACATTACCCGCCATTAAACACGGTAATATTCTGGAAATCGCCCAGCGCGAAAACGAAGCCACCTGTTTTGGT > CP042583/1939334‑1939894 ||| tGCCTCGGTATTGAAGCCCTGCTGGCTGCCGGTTACGAAATTAGCGCCATTTTTACCCATACTGATAATCCCGGTGAAAAAGCCTTTTATGGTTCGGTGGCTCGTCTGGCGGCGGAAAGAGGCATTCCGGTTTATGCGCCGGATAACGTTAATCATCCGCTGTGGGTGGAACGCATTGCCCAACTGTCGCCAGATGTGATTTTCTCTTTTTATTATCGCCATCTTATTTACGACGAAATTTTGCAGCTCGCTCCCGCAGGTGCATTTAATCTGCATGGTTCGCTGTTa < 2:1412778/288‑1 (MQ=255) cTCGTTTTTTAACCCCGGCTGGCTGCCGATTACGAAATTATCGCCATTTTTACCCATACTGATAATCCCGGTGAAAAAGCCGTTTATGGTTTGGTGGCTCGTCTGGCGGCGTAAAGAGGCATTCCGGTTTATGCGCCGGATAACGTTAATCATCCGCTGTGTGTTGAACGCATTGCCCAACTGTCGCCAGATGTGATTTTCTCTTTTTATTATCGCCATCTTATTTACTACGAAATTTTGCAGCTCGCTCCCGCAGGTGCATTTAATCTGCATGGTTCGCTGTTACCa < 2:1019989/288‑1 (MQ=255) cTCGGTATTGAAGCCCTGCTGGCTGCCGGTTACGAAATTAGCGCCATTTTTACCCATACTGATAATCCCGGTGAAAAAGCCTTTTATGGTTCGGTGGCTCGTCTGGCGGCGGAAAGAGGCATTCCGGTTTATGCGCCGGATAACGTTAATCATCCGCTGTGGGTGGAACGCATTGCCCAACTGTCGCCAGATGTGATTTTCTCTTTTTATTATCGCCATCTTATTTACGACGAAATTTTGCAGCTCGCTCCCGCATGTGCATTTAATCTGCATGGTTCGCTGTTACCaa > 1:484101/1‑289 (MQ=255) cTCGGTATTGAAGCCCTGCTGGCTGCCGGTTACGAAATTAGCGCCATTTTTACCCATACTGATAATCCCGGTGAAAAAGCCTTTTATGGTTCGGTGGCTCGTCTGGCGGCGGAAAGAGGCATTCCGGTTTATGCGCCGGATAACGTTAATCATCCGCTGTGGGTGGAACGCATTGCCCAACTGTCGCCAGATGTGATTTTCTCTTTTTATTATCGCCATCTTATTTACGACGAAATTTTGCAGCTCGCTCCCGCAGGTGCATTTAATCTGCATGGTTCGCTGTTACCaa > 1:1279937/1‑289 (MQ=255) 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TGCCTCGGTATTGAAGCCCTGCTGGCTGCCGGTTACGAAATTAGCGCCATTTTTACCCATACTGATAATCCCGGTGAAAAAGCCTTTTATGGTAGCGTGGCTCGTCTGGCGGCGGAAAGAGGCATTCCGGTTTATGCGCCGGATAACGTTAATCATCCGCTGTGGGTGGAACGCATTGCCCAACTGAGCCCAGATGTGATTTTCTCTTTTTATTATCGCCATCTTATTTACGACGAAATTTTGCAGCTCGCTCCCGCAGGTGCATTTAATCTGCATGGTAGCCTGTTACCAAAATATCGTGGTCGCGCGCCGCTGAACTGGGTGCTGGTCAACGGTGAAACGGAAACTGGCGTTACATTGCACCGAATGGTGAAACGTGCCGATGCCGGGGCCATTGTGGCGCAACTGCGCATTGCCATTGCGCCAGACGATATCGCTATTACGCTGCATCATAAATTGTGCCATGCCGCGCGCCAGCTACTGGAACAGACATTACCCGCCATTAAACACGGTAATATTCTGGAAATCGCCCAGCGCGAAAACGAAGCCACCTGTTTTGGT > CP042583/1939334‑1939894 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |