| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,953,223 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,953,223 | 0 | A | T | 99.3% | 626.4 / NA | 269 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base T (130/137); total (131/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,953,224 | 0 | G | C | 99.6% | 639.9 / NA | 269 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (131/137); minor base A (0/1); total (131/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,953,225 | 0 | T | A | 99.6% | 640.2 / NA | 269 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (130/138); minor base C (1/0); total (131/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
ATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGAGTGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCAGTTGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGC‑CCACTGTTTCAGGAATTAAAAGCGGGCAAAACAATCACGCTGGAAGATGGAAGGCAGATTAACGGCGCAGATTACTTAGCTGCTCCAGTGC > CP042583/1952948‑1953502 ||| tatTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAAt > 1:1432268/1‑289 (MQ=255) atTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTTGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAAtt > 2:1361860/1‑289 (MQ=255) ccTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGATCATGGACCGATTATCCGCGTGAAATGGTCGAACtt > 2:1581622/1‑289 (MQ=255) cAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGCTTATCCGCTGTAAATTGTCGAAATTGgc > 2:672877/1‑288 (MQ=255) 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cGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGC‑CCACTGTTTCAGGAATTAAAAGCGGGCAAAACAATCACGCTGGAAGATGGAAGGCAGATTAACGGCGCAGATTACTTAGCTGCTCCa < 2:430961/288‑1 (MQ=255) gATTAGCTGCTCATGGACCGCTTAACTGGTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGGGAAATTCTCGATGATGGCATGCGCAAAGTAACCGCTTAGCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGC‑CCACTGTTTCAGGAATTAAAAGCGGGCAAAACAATCACGCTGGAAGATGGAAGGCAGATTAACg < 2:750054/263‑1 (MQ=255) ||| ATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGAGTGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCAGTTGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGC‑CCACTGTTTCAGGAATTAAAAGCGGGCAAAACAATCACGCTGGAAGATGGAAGGCAGATTAACGGCGCAGATTACTTAGCTGCTCCAGTGC > CP042583/1952948‑1953502 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |