| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,954,646 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,954,646 | 0 | A | T | 98.9% | 210.9 / NA | 90 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (30/59); minor base G (0/1); total (30/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,954,647 | 0 | G | C | 100.0% | 212.2 / NA | 90 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (30/60); total (30/60) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,954,648 | 0 | T | A | 100.0% | 212.8 / NA | 90 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (30/60); total (30/60) | |||||||||||
TTAATGACAATTATCGGTGATGAAATTCCTCTTATATCTGAAAAACAGAGCCTTAGTAAGGTGCTTTTAAATGATGAGAATAATGAACTGAGTGATGGTACAAACTTCTGGGATAAAAATCGTCAATTAACCACAGATGAAATAGCTTGCTATCTTCAGAAGATCGCCGCTAATGCAAAAAATACTCAAGTCAATTATCCTACTGGTCTCTACGTCCCCTACTCCACCAGAACTCACCTGGAAGACGCTCTCAATGAAAATATTAAGAGCGATCCAAGTTGGCCGAATGAAGTCCAGTTATTCCCCATAAATACTGGCGGACACTGGATATTAG‑TTAGCCTACAGAAAATAGTAAATAAAAAAAATAATAAACTACAAATAAAATGCGTCATATTCAACAGTTTGCGTGCACTAGGCTATGATAAAGAAAATAGTCTTAAGCGTGTCATTAATAGTTTTAATTCTGAACTCATGGGAGAAATGAGCAATAATAATATAAAAGTTCATTTAAATGAACCAGAGATAATATTTTTACATGC > CP042583/1954370‑1954908 ||| ttAATGACAATTATCGGTGATGAAATTCCTCTTATATCTGAAAAACATTCGCTTTCAAAGGTGCTTTTAAATGATGAGAATAATGAACTGAGTGATGGTACAAACTTCTGGGATAAAAATCGTCAATTAACCACAGATGAAATAGCTTGCTATCTTCAGAAGATCGCCGCTAATGCAAAAAATACTCAAGTCAATTATCCTACTGGTCTCTACGTCCCCTACTCCACCAGAACTCACCTGGAAGACGCTCTCAATGAAAATATTAAGAGCGATCCATCATGGCCGAATg < 1:271313/289‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |