Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,957,883 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,957,883 | 0 | A | T | 99.6% | 527.4 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,957,884 | 0 | G | C | 99.6% | 524.5 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (83/139); total (83/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,957,885 | 0 | T | A | 98.7% | 517.5 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/3); new base A (83/138); total (83/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.97e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
ACCGAAAACAGGCGTGCAGCTGGTCGCCTATGCGAGCGAAGAACCGCCCTTCTTTCGTAGCGATGAAATGGGGAGCGCGGTGCATGCAGCTAGCCTTGAGCGTCCAGTGAAATTAATGATAGCACTGGAGATGATTGGCTATTACGACTCTGCGCCTGGAAGCCAGAATTACCCTTACCCGGCAATGTCCTGGCTTTATCCCGATCGGGGAGACTTTATTGCCGTGGTCGGCAGAATACAGGATATCAACGCCGTTCGTCAGGTAAAAGCGGCATTGTTGAGTTCTCAGGATTTATCTGTTTATTCTATGAATACCCCAGGGTTTATTCCCGGTATTGATTTCTCTGACCACCTGAATTATTGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAA > CP042583/1957603‑1958147 ||| aCCGAAAACAGGCGTGCAGCTGGTCGCCTATGCGTCGGAAGAACCGCCCTTCTTTCGTAGCGATGAAATGGGGAGCGCGGTGCATGCAGCTTCGCTTGAGCGTCCAGTGAAATTAATGATAGCACTGGAGATGATTGGCTATTACGACTCTGCGCCTGGAAGCCAGAATTACCCTTACCCGGCAATGTCCTGGCTTTATCCCGATCGGGGAGACTTTATTGCCGTGGTCGGCAGAATACAGGATATCAACGCCGTTCGTCAGGTAAAAGCGGCATCGTTGTCATCTCAg > 1:361114/1‑289 (MQ=255) 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gTGCAGCTGGTCGCCTATGCGTCGGAAGAACCGCCCTTCTTTCGTAGCGATGAAATGGGGAGCGCGGTGCATGCAGCTTCGCTTGAGCGTCCAGTGAAATTAATGATAGCACTGGAGATGATTGGCTATTACGACTCTGCGCCTGGAAGCCAGAATTA‑CCTTACCCGGCAATGTCCTGGCTTTATCCCGATCGGGGAGACTTTATTGCCGTGGTCGGCAGAATACAGGATATCAACGCCGTTCGTCAGGTAAAAGCGGCATTGTTGTCATCTCAGGATTTATCTGttt < 1:911173/288‑1 (MQ=255) cAGCTGGTCGCCTATGCGTCGGAAGAACCGCCCTTCTTTCGTAGCGATGAAATGGGGAGCGCGGTGCATGCAGCTTCGCTTGAGCGTCCAGTGAAATTAATGATAGCACTGGAGATGATTGGCTATTACGACTCTGCGCCTGGAAGCCAGAATTACCCTTACCCGGCAATGTCCTGGCTTTATCCCGATCGGGGAGACTTTATTGCCGTGGTCGGCAGAATACAGGATATCAACGCCGTTCGTCAGGTAAAAGCGGCATTGTTGTCATCTCAGGATTTATCTGTTTAt < 2:722424/288‑1 (MQ=255) gCTTGTCGCCTATGCGTCGGAAAAACCGCCCTTCTTTCGTAGCGATAAAATGGGGAGCGCGGTTCATGCAGCTTCGCTTGAGCGTCCAGTGAAATTAATGATAGCACTGGAGATGATTGGCTATTACGACTCTTCGCCTGGAAGCCAGAATTACCCTTACCCGGCAATGTCCTGGCTTTATCCCGATCGGTGAGACTTTATTGCCGTGGTCGGCAGAATACAGGATATCAACGCCGTTCGTCAGGTAAAAGCGGCATTGTTGTCATCTCAGGATTTATCTGTTTATTCt < 1:763531/289‑1 (MQ=255) cGCCTATGCGTCGGAAGAACCGCCCTTCTTTCGTAGCGATGAAATGGGGAGCGCGGTGCATGCAGCTTCGCTTGAGCGTCCAGTGAAATTAATGATAGCACTGGAGATGATTGGCTATTACGACTCTGCGCCTGGAAGCCAGAATTACCCTTACCCGGCAATGTCCTGGCTTTATCCCGATCGGGGAGACTTTATTGCCGTGGTCGGCAGAATACAGGATATCAACGCCGTTCGTCAGGTAAAAGCGGCATTGTTGTCATCTCAGGATTTATCTGTTTATTCTATGaa < 1:682180/288‑1 (MQ=255) cGCCTATGCGTCGGAAGAACCGCCCTTCTTTCGTAGCGATGAAATGGGGAGCGCGGTGCATGCAGCTTCGCTTGAGCGTCCAGTGAAATTAATGATAGCACTGGAGATGATTGGCTATTACGACTCTGCGCCTGGAAGCCAGAATTACCCTTACCCGGCAATGTCCTGGCTTTATCCCGATCGGGGAGACTTTATTGCCGTGGTCGGCAGAATACAGGATATCAACGCCGTTCGTCAGGTAAAAGCGGCATTGTTGTCATCTCAGGATTTATCTGTTTATTCTATGaa < 2:666010/288‑1 (MQ=255) tgcgtcggaagaaCCGCCCTTCTTTCGTAGCGATGAAATGGGGAGCGCGGTGCATGCAGCTTCGCTTGAGCGTCCAGTGAAATTAATGATAGCACTGGAGATGATTGGCTATTACGACTCTGCGCCTGGAAGCCAGAATTACCCTTACCCGGCAATGTCCTGGCTTTATCCCGATCGGGGAGACTTTATTGCCGTGGTCGGCAGAATACAGGATATCAACGCCGTTCGTCAGGTAAAAGCGGCATTGTTGTCATCTCAGGATTTATCTGTTTATTCTATGAATACCCCa < 1:327721/282‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |