Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,960,208 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,960,208 | 0 | A | T | 100.0% | 562.1 / NA | 234 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,960,209 | 0 | G | C | 99.6% | 551.9 / NA | 234 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (123/110); minor base A (0/1); total (123/111) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,960,210 | 0 | T | A | 100.0% | 555.3 / NA | 234 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (123/111); total (123/111) |
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
CCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGACAATAATATCCATGGTAGTATATGTTGCAATGTGATTCCAGAACAATCTCCGCAAGCTATCTATCACCATTTTCTGAAAATACGTGAGCGTAACAATGTTAGTGATGTTTTGGTAGAAATTACGATGTTCGATGACCCAGACTGGCCCTTTAGTGAAAGTATTTTAGTTATCACCACTGCTAGTCCAGAAGAAGTTCAGAGCTGGTTTGTAGAAGAAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGAGTGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTAGTCCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACC > CP042583/1959929‑1960487 ||| cTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGACAATAATATCCATGGTTCAATATGTTGCAATGTGATTCCAGAACAATCTCCGCAAGCTATCTATCACCATTTTCTGAAAATACGTGAGCGTAACAATGTTAGTGATGTTTTGGTAGAAATTACGATGTTCGATGACCCAGACTGGCCCTTTAGTGAAAGTATTTTAGTTATCACCACTGCTTCACCagaaga > 2:603992/1‑289 (MQ=255) 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CCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGACAATAATATCCATGGTAGTATATGTTGCAATGTGATTCCAGAACAATCTCCGCAAGCTATCTATCACCATTTTCTGAAAATACGTGAGCGTAACAATGTTAGTGATGTTTTGGTAGAAATTACGATGTTCGATGACCCAGACTGGCCCTTTAGTGAAAGTATTTTAGTTATCACCACTGCTAGTCCAGAAGAAGTTCAGAGCTGGTTTGTAGAAGAAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGAGTGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTAGTCCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACC > CP042583/1959929‑1960487 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |