Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,973,358 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,973,358 | 0 | A | T | 99.6% | 604.7 / NA | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,973,359 | 0 | C | G | 99.6% | 603.0 / NA | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (117/138); total (118/138) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.61e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,973,360 | 0 | T | A | 99.2% | 607.2 / NA | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (117/137); minor base C (1/1); total (118/138) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
GGCGACCAACCGGCTGGCGGAAGATCTGACTGTAGAACGTTGCCACACCTTCGACGTCGCTTGCCGGAATACCCAGCACATCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCACGCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCACTCATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGA‑CCCCAGCTCACTTGCAGGAAGTGGGTGATCAGGGTTTCGATATGTTGCAGCGTGCGCTCTTTCGGCGG > CP042583/1973082‑1973639 ||| gCGACCAACCGGCTGGCGGAAGATCTGACTGTAGAACGTTGCCACACCTTCGACGTCGCTTGCCGGAATACCCAGCACATCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCACGCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACaaaa > 1:1706689/1‑288 (MQ=255) aCCAGCCGGCTGGCGGAAGATCTGAGTGTAGAAACTGGCCACACCGTCGACGTCGCTTGCCGGAATACCCAGCACATCGGAGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCACGCTGCTTCTGATCGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAACGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGa < 2:1296412/289‑1 (MQ=255) cAACCGGCTGGCGGAAGATCTGACTGTAGAACGTTGCCACACCTTCGACGTCGCTTGCCGGAATACCCAGCACATCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCACGCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATa < 2:1563468/289‑1 (MQ=255) cAACCGGCGGGCGGGAGGTCTGACTGTAAGACGTTGCCACACGTTCGACGTCGCTTGCCGGGCTACCCAGCACGGCGGCGGTCGCGTGCATCGCACCATCCGGCGCCCAGCCCCGGGGCTTCGGCGCGATTTTCAGCGTCTCAATGGACGGCGCGCGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGGGCTCGGTCGCTTCACGCTCTGCCGCGATCAGCTCAAAGGCCGCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTGCACATCTGACATAACAAGATCGATa < 2:83029/289‑1 (MQ=255) 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tCTGACTGTAGAACGTTGCCACACCTTCGACGTCGCTTGCCGGAATACCCAGCACATCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCACGCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATc < 1:1562124/289‑1 (MQ=255) tAGAACGTTGCCACACCTTCGACGTCGCTTGCCGGAATACCCAGCACATCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCACGCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAg > 1:344068/1‑288 (MQ=255) gTTGCCACACCTTCGACGTCGCTTGCCGGAATACCCAGCACATCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCACGCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAg > 1:1448441/1‑289 (MQ=255) tGCCACACCTTCGACGTCGCTTGCCGGAATACCCAGCACATCGGCGCTCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCACGCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGAAATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCCTTCCAGACACCAgg > 2:1626836/1‑288 (MQ=255) ccACACCTTCGACGTCGCTTGCCGGAATACCCAGCACATCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCACGCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAggat > 1:1827940/1‑286 (MQ=255) acaTCGGCGATCGCGTGGATCGCACAATCCGGCACCCAGCCACGCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAATgcgc < 1:1682770/289‑1 (MQ=255) 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tGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCCACGACACTTGCAGGAAGTGGGTGATCAGGGTTTCg < 2:731497/276‑1 (MQ=255) tGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCCACGACACTTGCAGGAAGTGGGTGATCAGGGTTTCg > 1:731497/1‑276 (MQ=255) tGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGA‑CCCCACGACACTTGCAGGAAGTGGGTGATCAGGGTTTCGATATGTTGCAGCGt > 1:713282/1‑289 (MQ=255) aGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGA‑CCCCACGACACTTGCAGGAAGTGGGTGATCAGGGTTTCGATATGTTGCAGCGTGCGCTCtt > 1:260176/1‑288 (MQ=255) ccACATCTGACATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGA‑CCCCACGACACTTGCAGGAAGTGGGTGATCAGGGTTTCGATATGTTGCAGCGTGCGCTCTTTcggcg < 2:1448441/288‑1 (MQ=255) ||| GGCGACCAACCGGCTGGCGGAAGATCTGACTGTAGAACGTTGCCACACCTTCGACGTCGCTTGCCGGAATACCCAGCACATCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCACGCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCACTCATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGA‑CCCCAGCTCACTTGCAGGAAGTGGGTGATCAGGGTTTCGATATGTTGCAGCGTGCGCTCTTTCGGCGG > CP042583/1973082‑1973639 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |