Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,974,468 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,974,468 | 0 | G | C | 99.2% | 583.5 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.77e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,974,469 | 0 | C | G | 100.0% | 587.0 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (144/105); total (144/105) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,974,470 | 0 | T | A | 99.6% | 584.9 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (144/104); minor base C (0/1); total (144/105) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
GTGACTGTTGATGCGGAACAGTTCGGAGAGCATAACGCGAATGACGTTAACGCGATCCGGCACGGTGATCCCGGCCAGTTTCTCTACCGCCAGCACGTAAGGCATTTCGTTAACGCAGCCGCCGAGGTATTCGATACGGTCAGTATACGGAATGTAGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGCGCGCTCGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGGCTGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATCTTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCGTCGCAGGTTCGGGTGACCGTCGAAAGTAATGCCAAACAGATCCCAGGTTTCACGCTCATACCAGTTAGCGTT > CP042583/1974189‑1974749 ||| gTGACTGTTGATGCGGAACAGTTCGGAGAGCATAACGCGAATGACGTTAACGCGATCCGGCACGGTGATCCCGGCCAGTTTCTCTACCGCCAGCACGTAAGGCATTTCGTTAACGCAGCCGCCGAGGTATTCGATACGGTCAGTATACGGAATGTAGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGCGCCGACGggtgg > 1:443906/1‑289 (MQ=255) 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tACGGAAAGCCCCGTGCGCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATCTTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCGTCGCAGGTTCGGGTGACCGTCGAAAGTAATGCCAAACAGATCCCAGGTTTCACGCTCAt < 1:1099747/288‑1 (MQ=255) ccccGTGCGCCGACGGGTTGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATCTTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCGTCGCAGGTTCGGGTGACCGTCGAAAGTAATGCCAAACAGATCCCAGGTTTCACGCTCATACCAGTTAg < 2:1641013/288‑1 (MQ=255) ||| GTGACTGTTGATGCGGAACAGTTCGGAGAGCATAACGCGAATGACGTTAACGCGATCCGGCACGGTGATCCCGGCCAGTTTCTCTACCGCCAGCACGTAAGGCATTTCGTTAACGCAGCCGCCGAGGTATTCGATACGGTCAGTATACGGAATGTAGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGCGCGCTCGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGGCTGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATCTTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCGTCGCAGGTTCGGGTGACCGTCGAAAGTAATGCCAAACAGATCCCAGGTTTCACGCTCATACCAGTTAGCGTT > CP042583/1974189‑1974749 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |