| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 550,409 | 6 bp→TCATCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 550,409 | 0 | A | T | 99.3% | 322.6 / NA | 135 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (89/45); minor base G (0/1); total (89/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 550,410 | 0 | G | C | 100.0% | 321.0 / NA | 135 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (89/46); total (89/46) | |||||||||||
| * | CP042583 | 550,411 | 0 | T | A | 100.0% | 323.7 / NA | 135 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (89/46); total (89/46) | |||||||||||
| * | CP042583 | 550,412 | 0 | A | T | 100.0% | 324.1 / NA | 135 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (89/46); total (89/46) | |||||||||||
| * | CP042583 | 550,413 | 0 | G | C | 100.0% | 320.7 / NA | 135 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (89/46); total (89/46) | |||||||||||
| * | CP042583 | 550,414 | 0 | T | A | 100.0% | 324.8 / NA | 135 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (89/46); total (89/46) | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
ATTATCATTTCCTTATGGTTGCAGATAAAACATATTATATTTTTATGTGTTCCATTTTTGCGTAAGCCTTATTTTATGCGTATTATGTCGCGTCAGAAAAGTATAAATAAACGAGCCTCGCAATGCGGCTAATATTCATTTAATGAATATTTAAGGATAAATTATATGGACATGGAGAGCCAAAAAATATTGTTTGCACTTTCCACTCCGATGGAAATACGCAATGAATGCTGTTTACCTAGCCATAGTAGTCCCAAAATGTATTTAGGTACATGCTTTTTTGACCTTTCTTCCAGTTGGGGAATTGATGACCGTGATGACCTGCTGCGCACAATTCACCGAATGATCGATAACGGTCATGCCGCTCGGTTGGCAGGGTTTTATCACCGCTGGTTTCGTTATAGCCCATGTGAATGGCGTGACTATCTTGCTGAACTAAATGAGCAAGGTCAGGCTTATGCGCAATTTGTCGCCAGCACCGCCGAATGCTGTGGCGAAGGGGGAATCAAAGCC > CP042583/550163‑550675 |||||| attatcattTCCTTATGGTTGCAGATAAAACATATTATATTTTTATGTGTTCCATTTTTGCGTAAGCCTTATTTTATGCGTATTATGTCGCGTCAGAAAAGTATAAATAAACGAGCCTCGCAATGCGGCTAATATTCATTTAATGAATATTTAAGGATAAATTATATGGACATGGAGTCGCAAAAAATATTGTTTGCACTTTCCACTCCGATGGAAATACGCAATGAATGCTGTTTACCTTCGCATTCATCACCCAAAATGTATTTAGGTACATGCTTTTTTGACCttt < 1:1113461/289‑1 (MQ=255) 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atgaatgCTGTTTACCTTCGCATTCATCACCCAAAATGTATTTAGGTACATGCTTTTTTGACCTTTCTTCCTCATGGGGAATTGATGACCGTGATGACCTGCTGCGCACAATTCACCGAATGATCGATAACGGTCATGCCGCTCGGTTGGCAGGGTTTTATCACCGCTGGTTTCGTTATTCGCCATGTGAATGGCGTGACTATCTTGCTGAACTAAATGAGCAAGGTCAGGCTTATGCGCAATTTGTCGCCAGCACCGCCGAATGCTGTGGCGAAGGGGGAATCAAAGc < 1:204799/289‑1 (MQ=255) tgaatgCTGTTTACCTTCGCATTCATCACCCAAAATGTATTTAGGTACATGCTTTTTTGACCTTTCTTCCTCATGGGGAATTGATGACCGTGATGACCTGCTGCGCACAATTCACCGAATGATCGATAACGGTCATGCCGCTCGGTTGGCAGGGTTTTATCACCGCTGGTTTCGTTATTCGCCATGTTAATGGCGGGACTATCTTGCTGAACTAAATGAGCAAGGTCAGGCTTATGCGCAATTTGTCTCCAGCACCGCCGAATGCCTTGGCGAAGGTGGAATCAAAg > 2:1771084/1‑287 (MQ=255) |||||| ATTATCATTTCCTTATGGTTGCAGATAAAACATATTATATTTTTATGTGTTCCATTTTTGCGTAAGCCTTATTTTATGCGTATTATGTCGCGTCAGAAAAGTATAAATAAACGAGCCTCGCAATGCGGCTAATATTCATTTAATGAATATTTAAGGATAAATTATATGGACATGGAGAGCCAAAAAATATTGTTTGCACTTTCCACTCCGATGGAAATACGCAATGAATGCTGTTTACCTAGCCATAGTAGTCCCAAAATGTATTTAGGTACATGCTTTTTTGACCTTTCTTCCAGTTGGGGAATTGATGACCGTGATGACCTGCTGCGCACAATTCACCGAATGATCGATAACGGTCATGCCGCTCGGTTGGCAGGGTTTTATCACCGCTGGTTTCGTTATAGCCCATGTGAATGGCGTGACTATCTTGCTGAACTAAATGAGCAAGGTCAGGCTTATGCGCAATTTGTCGCCAGCACCGCCGAATGCTGTGGCGAAGGGGGAATCAAAGCC > CP042583/550163‑550675 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |