| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 553,248 | 6 bp→TCATCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 553,248 | 0 | A | T | 99.1% | 247.2 / ‑4.9 | 106 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (62/42); minor base C (1/0); total (64/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 553,249 | 0 | G | C | 100.0% | 249.1 / NA | 106 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (64/42); total (64/42) | |||||||||||
| * | CP042583 | 553,250 | 0 | T | A | 99.1% | 249.6 / NA | 106 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (63/42); minor base C (1/0); total (64/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 553,251 | 0 | A | T | 100.0% | 251.2 / NA | 106 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (64/42); total (64/42) | |||||||||||
| * | CP042583 | 553,252 | 0 | G | C | 100.0% | 252.5 / NA | 106 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (64/42); total (64/42) | |||||||||||
| * | CP042583 | 553,253 | 0 | T | A | 100.0% | 252.5 / NA | 106 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (64/42); total (64/42) | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
ATTGCGAATATATACATTAATTTTTTATTCATGTGTGAATGCTTCGATTTTCTTTTTATTTTGAAAGCGTCAAGTTTATACTCATCAATAATAAAAAAGTAGTCAGTTAATGCACTTAAGGGATTATTAACAAATGAATAAGGAAGAACAATATCTTCTTTTTGCGCTTTCTGCGCCCATGGAAATACTTAATCAGGGTTGCAAACCCGCGCATGACAGCCCAAAAATGTATACTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCAGTAGTTCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGACTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATCTGACATGGCATCGCTCTTCCCCTGAAGAGTGGAAAGCATTAATTGCTGGTGGCAGCGAGAGAGGGTTGATTTATACCCAATTCGTTGCCCAAACCGCTATGTGCTGTGGGGAAGGGGGAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGAGTCGGGTCGGTGTGCTCAACAAG > CP042583/552992‑553523 |||||| aTTGCGAATATATACATTAATTTTTTATTCATGTGGGAATGCTTCGATTTTCTTTTTAATTTGAAAGCGTCAAGTTTATACTCATAAATAATAAAAAAGTAGTAAGTTAATGCACTTAAGGGATTATTAACAAATGAATAAGGAAGAACAATATCGTCTTTTTGCGCTTTCTGCGCCCATGGAAATACTTAATCAGGGTTGCAAACCCGCGCATGACTCGCCAAAAATGTATACTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGTgatgat < 2:1616888/289‑1 (MQ=255) 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