| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 555,799 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 555,800 | 0 | C | G | 99.4% | 385.2 / NA | 163 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (72/90); total (73/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 555,801 | 0 | T | A | 100.0% | 388.0 / NA | 163 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (73/90); total (73/90) | |||||||||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
CATATCGCGCGGATAAATTTTCAATGCGGATAACCGCGTCCGACTCTCTTCAATCTGCTGCGCGCTCAATGTTACCGGGCTGTGGTTAATCACTCTGGACTTAACGCTGCCGTCTTCCAGAAGCACGTCAACTTCAAGCAACCCGTTGATATCATAACTAAAGCGAATATCAATGCTCTGATAAGCCCCGGTTTTCTTCAACGGCACATCGAAGGATTCCACCAGAATGTTGTTTTTAACTTTGTGGTTTTCTCCCTGATAGACGTTAACCGTAATACTATCCTGTTCCGGGTGCATGGTACTATAAGTTTCTACACGGCTCACGGGCACAGTGGTGTTTCGTTCAATAATCGGGCTGAAAATGCCGGAAACGCCCTGGCGGTTAACTTCAACGCCCAAGCTGTAAGGGCAAATATCAGTGAGGATTACCTCTTCAATATCTTCACTGCGTAAGCGGCAGGCGGCCTGGATTGCTGCGCCCAGCGCGACAATGGTGCTCGGATCGTAACTTTGATACGGTAATTTGCCAAACAGACGCACGGCGATTCGCTGCACC > CP042583/555523‑556078 ||| cATATCGCGCGGATAAATTTTCAATGCGGATAACCGCGTCCGACTCTCTTCAATCTGCTGCGCGCTCAATGTTACCGGGCTGTGGTTAATCACTCTGGACTTAACGCTGCCGTCTTCCAGAAGCACGTCAACTTCAAGCAACCCGTTGATATCATAACTAAAGCGAATATCAATCGACTGATAAGCCCTGGTTTTCTTCAACGGCACATCGAAGGATTCCACCAGAATGTTGTTTTTAACTTTGTGGTTTTCTCCCTGATAGACGTTAACCGTAATTGAATCCTGTTcc > 2:574893/1‑289 (MQ=255) atatCGCGCGGATAAATTTTCAATGCGGATAACCGCGTCCGACTCTCTTCAATCTGCTGCGCGCTCAATGTTACCGGGCTGTGGTTAATCACTCTGGACTTAACGCTGCCGTCTTCCAGAAGCACGTCAACTTCAAGCAACCCGTTGATATCATAACTAAAGCGAATATCAATCGACTGATAAGCCCCGGTTTTCTTCAACGGCACATCGAAGGATTCCACCAGAATGTTGTTTTTAACTTTGTGGTTTTCTCCCTGATAGACGTTAACCGTAATTGAATCCTGTTcc < 1:4805/288‑1 (MQ=255) atatCGCGCGGATAAATTTTCAATGCGGATAACCGCGTCCGACTCTCTTCAATCTGCTGCGCGCTCAATGTTACCGGGCTGTGGTTAATCACTCTGGACTTAACGCTGCCGTCTTCCAGAAGCACGTCAACTTCAAGCAACCCGTTGATATCATAACTAAAGCGAATATCAATCGACTGATAAGCCCCGGTTTTCTTCAACGGCACATCGAAGGATTCCACCAGAATGTTGTTTTTAACTTTGTGGTTTTCTCCCTGATAGACGTTAACCGTAATTGAATCCTGTTcc < 1:435127/288‑1 (MQ=255) atatCGCGCGGATAAATTTTCAATGCGGATAACCGCGTCCGACTCTCTTCAATCTGCTGCGCGCTCAATGTTACCGGGCTGTGGTTAATCACTCTGGACTTAACGCTGCCGTCTTCCAGAAGCACGTCAACTTCAAGCAACCCGTTGATATCATAACTAAAGCGAATATCAATCGACTGATAAGCCCCGGTTTTCTTCAACGGCACATCGAAGGATTCCACCAGAATGTTGTTTTTAACTTTGTGGTTTTCTCCCTGATAGACGTTAACCGTAATTGAATCCTGTTcc < 1:255431/288‑1 (MQ=255) 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aCGTTAACCGTAATTGAATCCTGTTCCGGGTGCATGGTTGAATAAGTTTCTACACGCGACACGGGCACAGTGGTGTTTCGTTCAATAATCGGCGAGAAAATGCCGGAAACGCCCTGGCGGTTAACTTCAACGCCCAACGAGTAAGGGCAAATATCAGTGAGGATTACCTCTTCAATATCTTCACTGCGTAAGCGGCAGGCGGCCTGGATTGCTGCGCCCAGCGCGACAATGGTGCt < 2:334301/236‑1 (MQ=255) cGTTAACCTTAATTGAATCCTGTTCCGGGTGCATGGTTGAATAAGTTGCTACACGCGACACGGGCACAGTTGTGTTTCGTTCAATAATCGGCGAGAAAATGCCGGAAACGCCCTGGCGGTTAACTTCAACGCCCAACGAGTAAGGGCAAATATCAGTGAGGATTACCTCTTCAATATCTTCACTGCGTAAGCGGCAGGCGGCCTGGATTGCTGCGCCCAGCGCGACAATGGTGCTCGGATCGTAACTTTGATACGGTAATTTGCCAAACAGACGCACGGCGATTCGCTg < 1:1328507/289‑1 (MQ=255) aaCCGTAATTGAATCCTGTTCCGGGTGCATGGTTGAATAAGTTTCTACACGCGACACGGGCACAGTGGTGTTTCGTTCAATAATCGGCGAGAAAATGCCGGAAACGCCCTGGCGGTTAACTTCAACGCCCAACGAGTAAGGGCAAATATCAGTGAGGATTACCTCTTCAATATCTTCACTGCGTAAGCGGCAGGCGGCCTGGATTGCTGCGCCCAGCGCGACAATGGTGCTCGGATCGTAACTTTGATACGGTAATTTGCCAAACAGACGCACGGCGATTCGCTGCAcc > 1:1062434/1‑289 (MQ=255) ||| CATATCGCGCGGATAAATTTTCAATGCGGATAACCGCGTCCGACTCTCTTCAATCTGCTGCGCGCTCAATGTTACCGGGCTGTGGTTAATCACTCTGGACTTAACGCTGCCGTCTTCCAGAAGCACGTCAACTTCAAGCAACCCGTTGATATCATAACTAAAGCGAATATCAATGCTCTGATAAGCCCCGGTTTTCTTCAACGGCACATCGAAGGATTCCACCAGAATGTTGTTTTTAACTTTGTGGTTTTCTCCCTGATAGACGTTAACCGTAATACTATCCTGTTCCGGGTGCATGGTACTATAAGTTTCTACACGGCTCACGGGCACAGTGGTGTTTCGTTCAATAATCGGGCTGAAAATGCCGGAAACGCCCTGGCGGTTAACTTCAACGCCCAAGCTGTAAGGGCAAATATCAGTGAGGATTACCTCTTCAATATCTTCACTGCGTAAGCGGCAGGCGGCCTGGATTGCTGCGCCCAGCGCGACAATGGTGCTCGGATCGTAACTTTGATACGGTAATTTGCCAAACAGACGCACGGCGATTCGCTGCACC > CP042583/555523‑556078 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |