Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 448,674 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 448,674 | 0 | A | T | 97.5% | 452.2 / ‑4.2 | 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.05e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 448,675 | 0 | G | C | 99.5% | 480.2 / NA | 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (101/105); minor base T (0/1); total (101/106) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 448,676 | 0 | C | G | 99.5% | 474.0 / NA | 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (100/105); total (101/106) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 |
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
CTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCAGCCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCAGCCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTAGCCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCAGC‑CCTGCCGCACAGCAACACACACCGAGTTTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTGGAGCTACAAAGCGCCAGCAAACCGGTTGTGCATTACCAATGGAGCCCAGTCGCCGGTGGCAATAAAAAACTGGCTCGTTTATTAGAACGTTTGCAATAAGGGGTTCCCATGTTTACATCAGTGGCGCAAGCCAATGCTGCGGTTATCGAACAAATTCGTCGCGCTCGTCCACACTGGCTGGATGTGCAACCGGCTTCTTCA > CP042583/448395‑448955 ||| ttgggCGCTAAACCGCAGGTGGGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGGGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGACCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCG‑CCTGCCg < 2:915708/286‑1 (MQ=255) taagaggcggccGCAAGTGGGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGTCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCG‑CCTGCCGca < 1:295531/279‑1 (MQ=255) cGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCG‑CCTGCCGca < 1:654988/289‑1 (MQ=255) ggCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCG‑CCTGCCGca < 2:596819/288‑1 (MQ=255) gcTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCG‑CCTGCCGCACAg < 1:1574403/288‑1 (MQ=255) aaaGCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGGTGTCGTGTTTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCG‑CCTGCCGCACAGCAac < 2:176508/289‑1 (MQ=255) ccGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCG‑CCTGCCGCACAGCAacaca < 1:1360402/289‑1 (MQ=255) 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tCCGCTCTCG‑CCTGCCGCACAGCAACACACACCGTCATTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTGGAGCTACAAAGCGCCAGCAAACCGGTTGTGCATTACCAATGGTCGCCAGTCGCCGGTGGCAATAAAAAACTGGCTCGTTTATTAGAACGTTTGCAATAAGGGGTTCCCATGTTTACATCAGTGGCGCAAGCCAATGCTGCGGTTATCGAACAAATTCGTCGCGCTCGTCCACACTGGCTGGATGTGCAACCGGCTTCTTCa < 1:115943/289‑1 (MQ=255) tCCGCTCTCG‑CCTGCCGCACAGCAACACACACCGTCATTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTGGAGCTACAAAGCGCCAGCAAACCGGTTGTGCATTACCAATGGTCGCCAGTCGCCGGTGGCAATAAAAAACTGGCTCGTTTATTAGAACGTTTGCAATAAGGGGTTCCCATGTTTACATCAGTGGCGCAAGCCAATGCTGCGGTTATCGAACAAATTCGCCCCACCCGTCCAAACTGGCTGGATTGGCAACCGGCttcttc > 2:1011261/1‑288 (MQ=255) ||| CTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCAGCCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCAGCCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTAGCCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCAGC‑CCTGCCGCACAGCAACACACACCGAGTTTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTGGAGCTACAAAGCGCCAGCAAACCGGTTGTGCATTACCAATGGAGCCCAGTCGCCGGTGGCAATAAAAAACTGGCTCGTTTATTAGAACGTTTGCAATAAGGGGTTCCCATGTTTACATCAGTGGCGCAAGCCAATGCTGCGGTTATCGAACAAATTCGTCGCGCTCGTCCACACTGGCTGGATGTGCAACCGGCTTCTTCA > CP042583/448395‑448955 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |