Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 568,295 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 568,295 | 0 | A | T | 98.3% | 535.8 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (110/116); minor base G (0/4); total (111/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.23e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 568,296 | 0 | G | C | 99.6% | 548.3 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (111/121); total (111/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 568,297 | 0 | C | G | 99.6% | 549.6 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (110/122); minor base T (1/0); total (111/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
TTGGTGCCGACGGCGCAAATAGCCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGAGCTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCAAGCCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGAGCCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGATGCCGCGCATACCATCCA‑TCCGCTGGCGGGGCAGGGAGTGAATCTTGGTTATCGTGATGTCGATGCCCTGATTGATGTTCTGGTCAACGCCCGCAGCTACGGCGAAGCGTGGGCCAGTTATCCTGTCCTCAAGCGTTACCAGATGCGGCGCATGGCGGATAACTTCATTATGCAAAGCG > CP042583/568017‑568574 ||| ttGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTggg < 1:1074936/289‑1 (MQ=255) ttGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTggg < 2:385381/289‑1 (MQ=255) ttGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTggg < 1:1489990/289‑1 (MQ=255) ttGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGAATGTTGATTAGCGTCCAGGGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTggg < 2:419112/289‑1 (MQ=255) ttGGTGCCGACGGCGCAAAGTCGCAGGTGAGGCGGATGGGGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTggg < 2:107559/289‑1 (MQ=255) ttGGGGCGGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTATTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTggg < 1:108342/289‑1 (MQ=255) tGGTGCCGACGGCGCAAATTGGGAGGGGCGGCAGAGTGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTGGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGAGCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCGAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTGCCCGTCGCGTCTggg < 2:1382840/288‑1 (MQ=255) tGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTggg < 1:1763415/288‑1 (MQ=255) tGGGGCCGACGGCGGAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGGGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTggg < 2:1520057/288‑1 (MQ=255) cgcAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACAcc > 1:1817415/1‑288 (MQ=255) gccGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGcc < 1:448761/287‑1 (MQ=255) gagTTCATGCCTGGCAGTATGCGCGGTGGTGGTTTTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACGCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGcc < 2:1809627/286‑1 (MQ=255) gTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATg < 1:199245/289‑1 (MQ=255) tCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCg < 1:907947/289‑1 (MQ=255) catgcatgGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATAGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGt > 1:1575640/1‑289 (MQ=255) atgcatgGCAGTATGCGAGGTCGTGCATGTTGATTGACGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGtt < 2:753304/289‑1 (MQ=255) tGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTg > 1:162698/1‑286 (MQ=255) tGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTg < 2:162698/286‑1 (MQ=255) tGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCa > 2:1368493/1‑288 (MQ=255) 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aTGTTGATTAGCGTGCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTgcgc < 1:1435277/289‑1 (MQ=255) tgttttgCGTCGAGGGGGAGAGGGTTCCCGGGGACAGTGCCTGTGAGAAAGTGAATCGGTGCGGACGGGGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAATTGGGCATCTCGGGTGTGGTAGGACGCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCtggt < 2:1748977/283‑1 (MQ=255) tGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGTGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCtggt > 2:200541/1‑289 (MQ=255) tGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTgcgcgtgt > 1:1223181/1‑285 (MQ=255) tGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCtggt > 1:616110/1‑289 (MQ=255) tGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCtggt > 1:1597972/1‑289 (MQ=255) 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aGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCATCGCCATGCGTTCC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGATGCcg > 1:706540/1‑288 (MQ=255) aTCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGATGCCGCGCATAccatcca > 1:322919/1‑289 (MQ=255) aTCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGATGCCGCGCATAccatcc > 2:1168683/1‑288 (MQ=255) 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tCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGATGCCGCGCATACCATCCA‑TCCGCTGGCGGGGCAGGGAGTGAATCTTGGTTATCGTGATGTCGATGCCCTGATTGATGTTCTGGTCAACGCCCGCAGCTACGGCGAAGCGTGGGCCAGTTATCCTGTCCTCAAGCGTTACCAGATGCGGCGCATGGCGGATAACTTCATTAt > 1:1667504/1‑289 (MQ=255) gAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGATGCCGCGCATACCATCCA‑TCCGCTGGCGGGGCAGGGAGTGAATCTTGGTTATCGTGATGTCGATGCCCTGATTGATGTTCTGGTCAACGCCCGCAGCTACGGCGAAGCGTGGGCCAGTTATCCTGTCCTCAAGCGTTACCAGATGCGGCGCATGGCGGATAACTTCATTATGCa < 1:218013/288‑1 (MQ=255) aGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGATGCCGCGCATACCATCCA‑TCCGCTGGCGGGGCAGGGAGTGAATCTTGGTTATCGTGATGTCGATGCCCTGATTGATGTTCTGGTCAACGCCCGCAGCTACGGCGAAGCGTGGGCCAGTTATCCTGTCCTCAAGCGTTACCAGATGCGGCGCATGGCGGATAACTTCATTATGCAAAg < 1:236455/289‑1 (MQ=255) aGCATTCCCCGCCGCGACTGGGTTGCGTTACCCCGCTTGGCGGTGGAGCGTGTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGATGCCGCGCATACCATCCA‑TCCGCTGGCGGGGCAGGGAGTGAATCTTGGTTATCGTGATGTCGATGCCCTGATTGATGTTCTGGTCAACGCCCGCAGCTACGGCGAAGCGTGGGCCATTTATCCTGTCCTCAAGCGTTACCAGATGCGGCGCATGGCGGATAACTTCATTATGCAAAg < 2:688421/289‑1 (MQ=255) gcttttCCCGTCGCGTCTGGGTTCCGTTACACCGCTTGCCGCTGATGCGTTTCCGCTGACGGGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGATGCCGCGCATACCATCCA‑TCCGCTGGCGGGGCAGGGAGTGAATCTTGGTTATCGTGATGTCGATGCCCTGATTGATGTTCTGGTCAACGCCCGCAGCTACGGCGAAGCGTGGGCCAGTTATCCTGTCCTCAAGCGTTACCAGATGCGGCGCATGGCGGATAACTTCATTATGCAAAg < 2:370819/285‑1 (MQ=255) aTTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGATGCCGCGCATACCATCCA‑TCCGCTGGCGGGGCAGGGAGTGAATCTTGGTTATCGTGATGTCGATGCCCTGATTGATGTTCTGGTCAACGCCCGCAGCTACGGCGAAGCGTGGGCCAGTTATCCTGTCCTCAAGCGTTACCAGATGCGGCGCATGGCGGATAACTTCATTATGCAAAGCg < 1:292243/288‑1 (MQ=255) ||| TTGGTGCCGACGGCGCAAATAGCCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGAGCTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCAAGCCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGAGCCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGATGCCGCGCATACCATCCA‑TCCGCTGGCGGGGCAGGGAGTGAATCTTGGTTATCGTGATGTCGATGCCCTGATTGATGTTCTGGTCAACGCCCGCAGCTACGGCGAAGCGTGGGCCAGTTATCCTGTCCTCAAGCGTTACCAGATGCGGCGCATGGCGGATAACTTCATTATGCAAAGCG > CP042583/568017‑568574 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |