Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 576,568 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 576,568 | 0 | A | T | 99.5% | 460.6 / NA | 195 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.69e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 576,569 | 0 | G | C | 100.0% | 456.4 / NA | 195 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (72/123); total (72/123) | |||||||||||
* | CP042583 | 576,570 | 0 | C | G | 99.0% | 450.5 / NA | 195 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (70/123); minor base T (2/0); total (72/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.35e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
TGATTACAGAACATCGGCAGTACAATTTGCAGCAAAATAAAAATACGGCTTGAAACGAGCC‑AAATAGGGTTCTCGTAGGGGGAATAAGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACA‑GCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGAGCAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAAATTAACATGGGTGTACTGGCGGGTATCATTACCGGTCTGGTTGGTGGCGCAGCCT‑ATAACCGTTGGTCC‑GATATTAAACTGCCGGACTTCCTGAGCTTCTTC‑GGCGGCAAACGCTTTGTGCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGC‑TGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACG > CP042583/576288‑576847 ||| ggATTACAGAAGATCGGCAGTACAATTTGCAGCAAAATAAAAATACGGCTTGAAACGAGCC‑AAATAGGGTTCTCGTAGGGGGAATAAGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACA‑GCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGAc > 1:1448858/2‑289 (MQ=255) aTTACAGAACATCGGCAGTACAATTTGCAGCAAAATAAAAATACGGCTTGAAACGAGCC‑AAATAGGGTTCTCGTAGGGGGAATAAGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACA‑GCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACa > 1:1649110/1‑288 (MQ=255) cAGAACATCGGCAGTACAATTTGCAGCAAAATAAAAATACGGCTTGAAACGAGCC‑AAATAGGGTTCTCGTAGGGGGAATAAGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACA‑GCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAgc > 1:584014/1‑286 (MQ=255) aaCATCGGCAGTACAATTTGCAGCAAAATAAAAATACGGCTTGAAACGAGCC‑AAATAGGGTTCTCGTAGGGGGAATAAGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACA‑GCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGt > 1:132210/1‑289 (MQ=255) 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agcaAAATAAAAATACGGCTTGAAACGAGCC‑AAATAGGGTTCTCGTAGGGGGAATAAGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACA‑GCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTTATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGGGCTGGGGGGTggg > 2:1081632/1‑287 (MQ=255) agcaAAATAAAAATACGGCTTGAAACGAGCC‑AAATAGGGTTCTCGTAGGGGGAATAAGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACA‑GCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCg < 2:402400/289‑1 (MQ=255) caAAATAAAAATACGGCTTGAAACGAGCC‑AAATAGGGTTCTCGTAGGGGGAATAAGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACA‑GCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGt > 1:865492/1‑289 (MQ=255) 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aTCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAAATTAACATGGGTGTACTGGCGGGTATCATTACCGGTCTGGTTGGTGGCGCAGCCT‑ATAACCGTTGGTCC‑GATATTAAACTGCCGGACTTCCTGAGCTTCTTC‑GGCGGCAAACGCTTTGTGCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGC‑TGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCa < 1:138704/288‑1 (MQ=255) aTCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAAATTAACATGGGTGTACTGGCGGGTATCATTACCGGTCTGGTTGGTGGCGCAGCCT‑ATAACCGTTGGTCC‑GATATTAAACTGCCGGACTTCCTGAGCTTCTTC‑GGCGGCAAACGCTTTGTGCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGC‑TGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCAc < 1:1552360/289‑1 (MQ=255) tCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAAATTAACATGGGTGTACTGGCGGGTATCATTACCGGTCTGGTTGGTGGCGCAGCCT‑ATAACCGTTGGTCC‑GATATTAAACTGCCGGACTTCCTGAGCTTCTTC‑GGCGGCAAACGCTTTGTGCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGC‑TGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCAc > 1:732832/1‑288 (MQ=255) ||| TGATTACAGAACATCGGCAGTACAATTTGCAGCAAAATAAAAATACGGCTTGAAACGAGCC‑AAATAGGGTTCTCGTAGGGGGAATAAGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACA‑GCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGAGCAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAAATTAACATGGGTGTACTGGCGGGTATCATTACCGGTCTGGTTGGTGGCGCAGCCT‑ATAACCGTTGGTCC‑GATATTAAACTGCCGGACTTCCTGAGCTTCTTC‑GGCGGCAAACGCTTTGTGCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGC‑TGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACG > CP042583/576288‑576847 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |