Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 451,830 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 451,830 | 0 | A | T | 98.7% | 542.5 / ‑2.0 | 235 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (114/116); minor base C (2/1); total (117/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.10e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 451,831 | 0 | G | C | 98.3% | 525.7 / ‑5.2 | 235 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/1); new base C (114/117); total (117/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 451,832 | 0 | C | G | 98.7% | 542.1 / ‑0.5 | 235 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (114/117); minor base . (2/1); total (117/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.20e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
TCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTAGCATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTAAGCCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGT‑ATTAGCCTGTAATCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAACCGGTGCCGCATCCGGCAATTGGTGCACAATGCC‑TGATGCGATGCTTGACGCATCTTATCAGGCCTACAATGG‑GTACCGGATCGGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCA > CP042583/451553‑452106 ||| ctcGCCGCTGCGTTGCTCGGCGGGCCGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGGTGCGTTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGT‑ATTTCGCTGTAGTCGt < 2:296163/289‑1 (MQ=255) tcGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGT‑ATTTCGCTGTAGTCGTa < 1:831074/289‑1 (MQ=255) gCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGT‑ATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAg < 1:896939/289‑1 (MQ=255) cGTTGCTGGCCGAGCAGATTGATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGT‑ATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAg < 2:1832990/288‑1 (MQ=255) aGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGT‑ATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTg > 1:1671899/1‑289 (MQ=255) aTTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGT‑ATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGc < 2:854181/288‑1 (MQ=255) aTGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGCCGCTGGGGGGCGAAGCGGGGACCTGG‑ATTTCGCTGTAGGCGTAGTCATTCGACATTTGTCGCTGAGGCGACGCCTGAcg > 2:758662/1‑289 (MQ=255) tgggcttgtgtaccTCACCGATGCTGGTGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTTCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTGGATGGGGCAGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGT‑ATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGa < 2:1207518/274‑1 (MQ=255) tGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGT‑ATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGa < 1:706545/286‑1 (MQ=255) aCTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGT‑ATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACCTTTCTGCCTGATGCGACGCTTGAcgct > 2:33171/1‑286 (MQ=255) cTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGAGGGCGAAGCGGGGGCCTGG‑ATTTCGCGGTCGTCGTAGGTCTTAGACATTTTTTCCCGATGCGACTCTTgtccgtttg > 2:1063068/1‑281 (MQ=255) gTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGCGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGGCCTGTCATTCG‑CTGTAGTGGTAGGCATTAGACATGTCTGTCTGATGCGACGCTTGAGGTGTCGTa > 2:211081/1‑288 (MQ=255) ggctgcTCACCGATGCTGAGGAGGTAAATGAAACCGGGGTGCCGCCGCAGCAACGTGCCATTAGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAGGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGGGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGT‑ATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTAt < 2:523408/283‑1 (MQ=255) 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ccGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGT‑ATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTTTGCCTGTTGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCcaca > 2:158902/1‑289 (MQ=255) tGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGGGAAGCGGGGACCGGT‑ATTTCGCTGTAGGCGTTGGCATTAGACATTTGTGTCTTATGCTACGCTTGCCGCGTCTTACCAGTGCTCCAACCg > 2:1797902/1‑289 (MQ=255) tGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGT‑ATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGAcgcg > 1:190586/1‑269 (MQ=255) tGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGT‑ATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGAcgcg < 2:190586/269‑1 (MQ=255) aTGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGT‑ATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAACCGGTGcc > 1:1362121/1‑289 (MQ=255) aTGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCAGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGT‑ATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAACCGGTGc > 1:20214/1‑288 (MQ=255) atGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGT‑ATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAACCGGTGCCGCATCCGGc < 1:120063/289‑1 (MQ=255) atGAAAACGCGGGAACGCCGAAGCAACGTGCCAGTCGCCATGCCACACCGGATGAGTGAGCGCCAGTGGCCAAAGCCGATGGTTGGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGGTGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTAGCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGT‑ATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAACCGGTGCCGCATCCGGc < 2:1534580/289‑1 (MQ=255) cTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGT‑ATTTCGCTGTAGTCGTAGGCCTTAGACATTTGTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGTCTTTTCAGGCCCACAAACGGTTCCCCAACCGGCAATTGGt > 2:1579573/1‑289 (MQ=255) 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cgAAGCGGGGACCTGT‑GTTGCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGATGCGTCTTATCAGGCCTACAACCGGTGCCGCATCCGGCAATTGGTGCACAATGCC‑TGATGCGATGCTTGACGCATCTTATCAGGCCTACAATGG‑GTACCGGATCGGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAGAATAGGGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTaa < 1:430421/288‑1 (MQ=255) aaGCGGGGACCTGT‑ATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAACCGGTGCCGCATCCGGCAATTGGTGCACAATGCC‑TGATGCGATGCTTGACGCATCTTATCAGGCCTACAATGG‑GTACCGGATCGGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAgg > 2:1784532/1‑288 (MQ=255) ||| TCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTAGCATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTAAGCCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGT‑ATTAGCCTGTAATCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAACCGGTGCCGCATCCGGCAATTGGTGCACAATGCC‑TGATGCGATGCTTGACGCATCTTATCAGGCCTACAATGG‑GTACCGGATCGGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCA > CP042583/451553‑452106 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |