Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 452,261 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 452,261 | 0 | G | C | 99.3% | 638.6 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 452,262 | 0 | C | G | 100.0% | 632.6 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (137/135); total (137/135) | |||||||||||
* | CP042583 | 452,263 | 0 | T | A | 98.5% | 624.2 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (134/133); minor base C (3/1); total (137/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
CGGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGGCTTGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCACGCTCGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACATAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCGCTCAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCAAAATACC > CP042583/451981‑452542 ||| cGGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCACCGACGGatt > 1:1662231/1‑289 (MQ=255) tAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCACCGACGGattat < 2:1662231/288‑1 (MQ=255) aGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCACCGACGGattatt < 1:301509/288‑1 (MQ=255) ggCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTCCCAGTGCAGATGCACAATCGGCAGTTTCACCAATTACTAATTCCACTCGCTACCAATCATAAGTATCATCACCGACGGCTTATTc > 2:1356/1‑288 (MQ=255) 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CGGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGGCTTGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCACGCTCGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACATAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCGCTCAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCAAAATACC > CP042583/451981‑452542 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |