Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 452,468 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 452,468 | 0 | G | C | 100.0% | 616.7 / NA | 262 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (129/133); total (129/133) | |||||||||||
* | CP042583 | 452,469 | 0 | C | G | 98.1% | 591.3 / NA | 262 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/0); new base G (123/133); total (129/133) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.72e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 452,470 | 0 | T | A | 98.5% | 602.5 / NA | 262 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (125/132); minor base C (3/1); total (129/133) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.63e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
TGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCACGCTCGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACATAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCGCTCAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCAAAATACCGTCCTGATGCAGGTTATGCGTCAGCGGATAAAACACGGTGCTGCCATCAAAGCCGCGCGCGCCAACCAGGCTCACTTCACCAGAGAAGTTAATGCCCTGCTCGACAATACATTCGCCGTAACACTCTGCCGGTAACTGTTCGGTTTCATTTGCGCGTAAACGCCATTGACCGCGACCGTCATAACCACCAGTGCGACGCTTAAC > CP042583/452193‑452746 ||| ccAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACATAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCCGCCAGCACCTCTTCGGCTTccg > 2:127634/1‑288 (MQ=255) ccAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACATAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCTTgcgc < 1:723391/289‑1 (MQ=255) ccAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACATAGCCCAGCCCCTCCATAATCCCCGACAGCATCCCTTCAGCTTtcg > 2:1779220/1‑288 (MQ=255) ggCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTGTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACATAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCTTGCGCctg < 2:106126/287‑1 (MQ=255) ttCCGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACAGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACATAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCTTGCGCctgctgct < 2:213221/286‑1 (MQ=255) ttCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACATAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCTTGCGCctgctgct < 2:896824/286‑1 (MQ=255) ttCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATTGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACATAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGaa < 1:1130378/289‑1 (MQ=255) 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tACCAATCAGATTGATCATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACATAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGAAAAGCGAc > 1:31486/1‑286 (MQ=255) tACCAATCAGATTGATCATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACATAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGAAAAGCGAc > 1:678174/1‑286 (MQ=255) cAATCAGATTGATCATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACATAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGAAAAGCGACGCTGGt < 1:1828358/289‑1 (MQ=255) 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aGATTGGTCATCACCGACGCATTATTCACCGCTGGTGGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACATAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCa < 2:1263937/289‑1 (MQ=255) aTTGATCATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACATAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCaaa > 1:1271522/1‑289 (MQ=255) aTTGATCATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACATAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGAAAAGCCACGCTGGTGCGCaaa > 2:187594/1‑289 (MQ=255) 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catcaccgacGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTT‑‑GGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACATAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCAAAATACCGTc < 1:1742425/280‑1 (MQ=255) tcaccgacGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTACCGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACATAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCAAAATACCGTc < 1:1356/282‑1 (MQ=255) tcaccgacGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACATAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCAAAATACCGTc < 1:36990/282‑1 (MQ=255) 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acGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACCCCCACATACCCCAGCTCCTGCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCTTGCCCCTGCTGCTGACCGTTGGCCTGCTGGAAAGCGACCCTGGTGCGCAAAATAcccgtctggc > 2:732000/2‑280 (MQ=255) cGGTTTACTCACCACTGGTGTCGGTAACGGGAGATCGGTAATCGACCGCGGATTCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGTACCGTTTTGTGTCCAGTGCCCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACATAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCAAAATACCGTCCTGATg < 2:511263/288‑1 (MQ=255) cGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACATAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCAAAATACCGTCCTGATg < 1:1515026/288‑1 (MQ=255) 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cccgCTCCTGCATACTCGCCGACCGTATCTCTTCGGCTTGGGCCTGCTGCTGTGCGTGGGCCGGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCAAAATACCGTCCTGATGCAGGTTATGCGTCAGCGGATAAAACACGGGGCTGCCATCAAAGCCGCGCGCGCCAACCAGCGACACTTCACCAGAGAAGTTAATGCCCTGCTCGACAATACATTCGCCGTAACACTCTGCCGGTAACTGTTCGGTTTCATTTGCGCGTAAACGCCATTGACCGCGACCGTCATAACCACCAGTGCg < 2:32403/286‑1 (MQ=255) cTCCTGCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCAAAATACCGTCCTGATGCAGGTTATGCGTCAGCGGATAAAACACGGTGCTGCCATCAAAGCCGCGCGCGCCAACCAGCGACACTTCACCAGAGAAGTTAATGCCCTGCTCGACAATACATTCGCCGTAACACTCTGCCGGTAACTGTTCGGTTTCATTTGCGCGTAAACGCCATTGACCGCGACCGTCATAACCACCAGTGCGACg > 2:261760/1‑288 (MQ=255) tCCTGCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCAAAATACCGTCCTGATGCAGGTTATGCGTCAGCGGATAAAACACGGTGCTGCCATCAAAGCCGCGCGCGCCAACCAGCGACACTTCACCAGAGAAGTTAATGCCCTGCTCGACAATACATTCGCCGTAACACTCTGCCGGTAACTGTTCGGTTTCATTTGCGCGTAAACGCCATTGACCGCGACCGTCATAACCACCAGTGCGACGCt > 1:650899/1‑289 (MQ=255) ||| TGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCACGCTCGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACATAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCGCTCAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCAAAATACCGTCCTGATGCAGGTTATGCGTCAGCGGATAAAACACGGTGCTGCCATCAAAGCCGCGCGCGCCAACCAGGCTCACTTCACCAGAGAAGTTAATGCCCTGCTCGACAATACATTCGCCGTAACACTCTGCCGGTAACTGTTCGGTTTCATTTGCGCGTAAACGCCATTGACCGCGACCGTCATAACCACCAGTGCGACGCTTAAC > CP042583/452193‑452746 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |