| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 606,610 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 606,610 | 0 | A | T | 99.7% | 666.9 / ‑5.7 | 282 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (150/131); minor base G (1/0); total (151/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 606,611 | 0 | G | C | 99.3% | 641.2 / NA | 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (149/126); total (149/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 606,612 | 0 | C | G | 99.6% | 646.3 / NA | 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (148/128); total (149/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
GCGCATTGAGCGAGTGGCTGAATGAAAATACCGATCTTGATGTGACCTTTATTGATATTCCTAATCCTGCATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGAGCCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCTTTATTGAAATTCCGGTGGTTTACGGTGGTGCAGGCGGACCGGATTTGGCGGTGGTCGCGGCGCATTGCGGGTTGAGCGAAAAACAGGTTGTTGAATTGCACTCCTCCGTGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAAC > CP042583/606331‑606886 ||| gcgcATTGAGCGAGTGGCTGAATGAAAATACCGATCTTGATGTGACCTTTATTGATATTCCTAATCCTGCATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGgcg > 2:483944/1‑288 (MQ=255) gcATTGAGCGAGTGGCTGAATGAAAATACCGATCTTGATGTGACCTTTATTGATATTCCTAATCCTGCATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAAAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCt < 1:383887/288‑1 (MQ=255) cATTGAGCGAGTGGCTGAATGAAAATACCGTACTTGAGGTGACCTTTATTGATATTCCTAATCCTGCAGAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGGGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTcgctggcgctgg < 2:1228335/289‑1 (MQ=255) ttGAGCGAGTGGCTGAATGAAAATACCGATCTTGATGTGACCTTTATTGATATTCCTAATCCTGCATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGAt > 2:1847621/1‑289 (MQ=255) 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aatgaaAATACCGATCTTGATGTGACCTTTATTGATATTCCTAATCCTGCATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGCTCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAACGTGGTTGAAGCCATTCCCGGACTGAACAATAGCACGCGGATCTTTCGTAACCCCGAGTCGCTGGCGCTGGACGCCATAAAGCCttg > 2:1671714/1‑287 (MQ=255) aTACCGATCTTGATGTGACCTTTATTGATATTCCTAATCCTGCATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCt < 1:1872922/289‑1 (MQ=255) aCCTTTATTGATATTCCTAATCCTGCATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGGGGAGAGCGAg > 2:957036/1‑289 (MQ=255) 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atTCCTAATCCTGCATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCg > 1:1750045/1‑289 (MQ=255) atTCCTAATCCTGCATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCg > 2:59270/1‑289 (MQ=255) tCCTGCATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCt > 2:1728903/1‑226 (MQ=255) 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cATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGGGGCGCTGGGACCGGAgctcggcttta > 2:1443969/1‑279 (MQ=255) cATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGc > 1:1416414/1‑274 (MQ=255) cATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTGTCGCTTTa > 1:145798/1‑289 (MQ=255) cATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCTTTa > 1:78738/1‑289 (MQ=255) cATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCTTTa > 1:571231/1‑289 (MQ=255) aTAACGAATAATAAGAGGGATCGACAGTGCAAGAGGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAGCGGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCTTTAt < 2:275537/289‑1 (MQ=255) 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ggTGATTTTGCGTACTCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGGTTTATTGAAATTCCGGTGGTTTACGATGGTGCATGAGGACCGGAGTTGTCGGTGGGCGCGGCCGAGGTCGGGTGGAGCGAAAAACGGGTTGTTGAATTGATCTCCTCCGTGGCATACATAGATTGGTGTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATACAGGGAGTTAGCCGGAGCACATAAACCCGCCAcc > 2:1052244/1‑287 (MQ=255) tGATTTTGCGTAATCCTGAGTCGCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCTTTATTGAAATTCCGGTGGTTTACGGTGGTGCAGGCGGACCGGATTTGGCGGTGGTCGCGGCGCATTGCGGGTTGAGCGAAAAACAGGTTGTTGAATTGCACTCCTCCGTGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTAGACACGCCACGgcg > 1:95481/1‑289 (MQ=255) ||| GCGCATTGAGCGAGTGGCTGAATGAAAATACCGATCTTGATGTGACCTTTATTGATATTCCTAATCCTGCATAACGAATAATCAGAGGGATCGAAAGTGCAACGAGCGCGTTGTTATCTGATAGGTGAAACGGCGGTAGTGCTGGAACTGGAACCGCCGGTGACGCTGGCTAGCCAGAAACGGATCTGGCGACTGGCGCAGCGTCTGGTGGATATGCCGAATGTGGTTGAAGCCATTCCCGGCATGAACAATATCACGGTGATTTTGCGTAATCCTGAGAGCCTGGCGCTGGATGCCATAGAGCGTTTGCAACGCTGGTGGGAGGAGAGCGAGGCGCTGGAGCCGGAGTCTCGCTTTATTGAAATTCCGGTGGTTTACGGTGGTGCAGGCGGACCGGATTTGGCGGTGGTCGCGGCGCATTGCGGGTTGAGCGAAAAACAGGTTGTTGAATTGCACTCCTCCGTGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAAC > CP042583/606331‑606886 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |