| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 613,669 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (113/126); total (114/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 613,671 | 0 | T | A | 99.2% | 569.3 / NA | 242 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base A (114/126); total (114/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
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CGTGCTAATGCTGATATCTCTCCAGTCACCAATATCAACATTAAAACCTGCTGTGATGTTGGCGGTCGTGGAGGCGTCTGCATTCCACCAGGTTTGATGTAGCAGGTTGGCGTAAAGATTGAGGTTTAGTGGGGTAATCGGTTGGCCCACGGATAAGCTGATCGTCTGTTTTTCGTCCTGCGCATCGCTGTCGTTGTATTTGTGATCCAGATAGTTGGCGTAGCTGTGAAAATGACGATCACTGAAGCGATAAGCGGCGAGGCT‑AATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAGCCCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATATTTTGCCCGATACCCATTGCGGCAGAATGGTAGTCATCATCAGAAATCAGCAGGCCGCCGTACAG‑GCTGGTGTTACTGAGCATCCCCCAGGAAACTTCATTGCTAAAAAAGGTTTCATTTTCAGTTTGATGACTCATGGAAGGC > CP042583/613408‑613948 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |