Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 622,443 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 622,445 | 0 | C | G | 99.6% | 520.6 / NA | 222 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (91/130); total (92/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.14e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
CGCCGCTGAAGGTCTTGAACGTTACCTCGGCGCAAAATTCCCTGGCGCAAAACGCTTCAGCCTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCAGCTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCGGTAGTTATCGGTTCTGTTCGTGCCCGTCTGGACAGACTTGATGAGCCGAGCAGCAACAAAGTGCTGCCAATCACCATCCACGGTGACGCCGCAGTGACCGGGCAGGGCGTGGTTCAGGAAACCCTGAACATGAGCAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACC > CP042583/622163‑622724 ||| cTTGAACGTTACCTCGGCGCAAAATTCCCTGGCGCAAAACGCTTCTCGCTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATg < 1:1617121/289‑1 (MQ=255) cTTGAACGTTACCTCGGCGCAAAATTCCCTGGCGCAAAACGCTTCTCGCTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATg < 1:1556036/289‑1 (MQ=255) cGTTACCTCGGCGCAAAATTCCCTGGCGCAAAACGCTTCTCGCTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGcc < 1:1467771/289‑1 (MQ=255) tACCTCGGCGCAAAATTCCCTGGCGCAAAACGCTTCTCGCTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTgg > 1:415717/1‑289 (MQ=255) 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gggCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCGGTAGTTATCGGTTCTGTTCGTGCCCGTCTGGACAGACTTGATGAGCCGAGCAGCAACAAAGTGCTGCCAATCACCATCCACGGTGACGCCGCAGTGACCGGGCAGGGCGTGGTTCAGGAAACCCTGAACATGTCGAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTcacc < 1:664890/289‑1 (MQ=255) gggCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCGGTAGTTATCGGTTCTGTTCGTGCCCGTCTGGACAGACTTGATGAGCCGAGCAGCAACAAAGTGCTGCCAATCACCATCCACGGTGACGCCGCAGTGACCGGGCAGGGCGTGGTTCAGGAAACCCTGAACATGTCGAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTcacc > 1:1509219/1‑289 (MQ=255) ||| CGCCGCTGAAGGTCTTGAACGTTACCTCGGCGCAAAATTCCCTGGCGCAAAACGCTTCAGCCTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCAGCTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCGGTAGTTATCGGTTCTGTTCGTGCCCGTCTGGACAGACTTGATGAGCCGAGCAGCAACAAAGTGCTGCCAATCACCATCCACGGTGACGCCGCAGTGACCGGGCAGGGCGTGGTTCAGGAAACCCTGAACATGAGCAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACC > CP042583/622163‑622724 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |