| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 622,656 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 622,656 | 0 | A | T | 99.5% | 470.2 / ‑5.0 | 200 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (96/103); minor base C (1/0); total (97/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.11e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 622,657 | 0 | G | C | 99.5% | 462.3 / ‑5.7 | 200 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (97/102); minor base T (0/1); total (97/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 622,658 | 0 | C | G | 99.5% | 469.2 / NA | 200 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (96/102); total (97/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
CGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCAGCTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCGGTAGTTATCGGTTCTGTTCGTGCCCGTCTGGACAGACTTGATGAGCCGAGCAGCAACAAAGTGCTGCCAATCACCATCCACGGTGACGCCGCAGTGACCGGGCAGGGC‑GTGGTTCAGGAAACCCTGAACATGAGCAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCATCGACCTGGTGTGCTACCGCCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCG > CP042583/622379‑622937 ||| tgaGTTGGCCGTTAACACTAACGAACACCTCGGGACAGGTGACGTAAAATACCCCATTGTCTTCTCGTCTGCATTCCAGTCCGCTGGCGGCCTGGTGCCCCTGGCGCTAGCTTTTAACCCGTCTCCCCTTGAGATTGTAAGCCCGGTAGTGATCGGTTCTGTTCGTGCGCGTCTGGACAGACTTGATGAGCCGAGCAGCAACAAAGTGCTGCCAATCACCATCCACGGTGACGCCGCAGTGACCGGGCAGGTC‑GTGGTTCAGGAAACCCTGAACATGTCGAAAGcgcg < 2:1284370/287‑1 (MQ=255)cgaGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCGGTAGTTATCGGTTCTGTTCGTGCCCGTCTGGACAGACTTGATGAGCCGAGCAGCAACAAAGTGCTGCCAATCACCATCCACGGTGACGCCGCAGTGACCGGGCAGGGC‑GTGGTTCAGGAAACCCTGAACATGTCGAAAGcgcg < 1:1388321/288‑1 (MQ=255)cgaGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCGGTAGTTATCGGTTCTGTTCGTGCCCGTCTGGACAGACTTGATGAGCCGAGCAGCAACAAAGTGCTGCCAATCACCATCCACGGTGACGCCGCAGTGACCGGGCAGGGC‑GTGGTTCAGGAAACCCTGAACATGTCGAAAGCGCGt > 1:682935/1‑289 (MQ=255)cgaGTTAGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGGGTTTAACCCGTCTCACCTTGGGATTGTAAGCCCGGTAGTTATCGGTTCTGTTCGTGCCCGTCTGGACAGACTTGATGAGCCGAGCAGCAACAAAGTGCTGCCAATCACCATCCACGGTGACGCCGCAGTGACCGGGCAGGGC‑GTGGTTCAGGAAACCCTGAACATGTCGAAAGcgcg < 2:1388962/288‑1 (MQ=255) 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aGGAAACCCTGAACATGTCGAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCATCGACCTGGTGTGCTACCGCCGTCACGGCCACAACGAAg > 1:1418164/1‑288 (MQ=255) ccTGAACATGTCGAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCATCGACCTGGTGTGCTACCGCCGTCACGGCCACAACGAAGCcgacga > 1:1647422/1‑288 (MQ=255) ccTGAACATGTCGAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGGTATGTCTTCATCGACCTGGTGTGCTACCGCCGTCCCGGCCACAACGAAg > 2:1759440/1‑281 (MQ=255) tGAACATGTCGAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCATCGACCTGGTGTGCTACCGCCGTCACGGCCACAACGAAGCCGAcgagcc < 2:1647015/289‑1 (MQ=255) gAACATGTCGAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGCTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGCTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCTCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCACCGACCGGGTGTGCTACCGCCGTCACGGCCACAACGACGCCGAcgacccg > 2:136244/1‑289 (MQ=255) ||| CGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCAGCTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCGGTAGTTATCGGTTCTGTTCGTGCCCGTCTGGACAGACTTGATGAGCCGAGCAGCAACAAAGTGCTGCCAATCACCATCCACGGTGACGCCGCAGTGACCGGGCAGGGC‑GTGGTTCAGGAAACCCTGAACATGAGCAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCATCGACCTGGTGTGCTACCGCCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCG > CP042583/622379‑622937 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |