| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 623,379 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 623,379 | 0 | A | T | 98.9% | 632.6 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (118/150); minor base G (1/2); total (120/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 623,380 | 0 | G | C | 99.6% | 629.4 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (118/152); total (120/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 623,381 | 0 | C | G | 99.6% | 636.5 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (119/152); total (120/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
GCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGAGCCCGTACCTCAACCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGAGCGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGTCTAACGGTTCCACTTACACGCCGCTGCAACATATCCATAACGGGCAGGGCGCGTTCCGTGTCTGGGACTCCGTACTGTCTGAAGAAGCAGTGCTGGCGTTTGAATATGGTTATGCCACCGCAGAACCACGCACTCTGACCATCTGGGAAGCGCAGTTCGGTGACTTCGCCAACGGTGCGCAGGTGGTTATCGACCAGTTCATCTCCTCTGGCGAACAGAA > CP042583/623100‑623659 ||| gCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGCCGTACCTCAACCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAg > 2:709749/1‑289 (MQ=255) gCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGCCGTACCTCAACCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGAATCCgg > 1:1210946/1‑288 (MQ=255) cGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGCCGTACCTCAACCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGt < 1:1094872/288‑1 (MQ=255) gTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGCCGTACCTCAACCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTc < 1:641745/288‑1 (MQ=255) 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cGTACCTCAACCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATcc > 2:389821/1‑288 (MQ=255) ccTCAACCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAAc < 2:595630/289‑1 (MQ=255) ccTCAACCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAAc < 2:1240443/289‑1 (MQ=255) ccTCAACCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAAc < 1:863881/289‑1 (MQ=255) ccTCAACCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAAc < 1:806073/289‑1 (MQ=255) aaCCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGt < 1:304647/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |