Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 636,572 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 636,572 | 0 | A | T | 98.6% | 502.8 / NA | 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (109/101); minor base G (2/1); total (112/102) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 636,573 | 0 | G | C | 99.5% | 500.3 / NA | 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (111/102); minor base T (1/0); total (112/102) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 636,574 | 0 | C | G | 99.5% | 504.0 / NA | 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (112/101); minor base T (0/1); total (112/102) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
TAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAAAGCACAATGGACCATTACGCAGCCTCTAACCCACTGAATAAAGAAGTGGTTCGTGAAGCTGGCGCATGGCTGGTTAACTTCAACAACACGCCAATTCTGTGGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAACGCAAGTCTG > CP042583/636292‑636850 ||| taccgtGTTGGAGGGCGGTCCGTTCAACGTTAACGTATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTTACGTCTTCCAGTGGCTTAACCCGCACGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCACGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATg < 2:980260/284‑1 (MQ=255) aaCCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATg < 2:440983/288‑1 (MQ=255) gTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGACCAt > 1:289258/1‑289 (MQ=255) tACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATATACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGACCATTACGCAGcc > 1:181949/1‑287 (MQ=255) ccGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGACCATTACGCAGCCTCTa < 1:737527/289‑1 (MQ=255) tCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAGCGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGG‑TATGTCGTGAAATCGACAATGGACCATTACGCAGCCTCTAACCCa < 2:536359/289‑1 (MQ=255) caactatgatgaATATCTGCGTCTGAACAACACCGGTAACTTCTTCCAGTGGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGAACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGACGTACGGTATCGATGGTTATGACGTGAAATCGACAATGGACCATTACGCAGCCTCTAACCCa < 2:1595736/283‑1 (MQ=255) cAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGACCATTACGCAGCCTCTAACCCa < 2:1344835/289‑1 (MQ=255) cAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGACCATTACGCAGCCTCTAACCCa < 2:251451/289‑1 (MQ=255) cAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGCTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGACCATTACGCAGCCTCTAACCCa < 2:139066/289‑1 (MQ=255) actttGATGACTATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGACCATTACGCAGCCTCTAACCCACt < 2:87640/286‑1 (MQ=255) atgaATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAACGCGACATTGGGCCATTACGAAGCCTCTAACCTCCTGAATaa > 2:604874/1‑289 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGACCATTACGCAGCCTCTAACCCACTGAATAAAGAAGTGGTTCg < 2:959025/288‑1 (MQ=255) acttcACCGGTAACTTTTTCCAGTGGCTTAACCCGTTCGGGCTGCCGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGACCATTACGCAGCCTCTAACCCACTGAATAAAGAATTGGTTCGTGAAGc < 1:1732339/289‑1 (MQ=255) cacCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGTTGACACTGGGCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTGTGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAAGTGACAATGGACCTATACGCACGCTCCACCCCCATGGATAAAGAATGGGtttcttaagcgtgc > 2:1004600/1‑277 (MQ=255) gTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGACCATTACGc > 2:311723/1‑241 (MQ=255) 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atCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCACAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCCCTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCCTGAAATCGACAATGGACCATTACGCCGCCTCTAACCCACTGACTAAAGAAGTGGTTCGTGAAGCTGGCGCATGGCTGGTTAACTTCCACAACACGCCACTTCTGGGCGCTATCCCGGCACTGGGCGTTGTTCtt > 2:943758/1‑287 (MQ=255) tCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGCCCATTACGCAGCCTCTAACCCACTGAATAAAGAAGTGGTTCGTGAAGCTGGCGCATGGCTGGTTAACTTCAACAACACGCAAATTCTGTGGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGcc > 1:602491/1‑289 (MQ=255) tACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGACCATTACGCAGCCTCTAACCCACTGAATAAAGAAGTGGTTCGTGAAGCTGGCGCATGGCTGGTTAACTTCAACAACACGCCAATTCTGTGGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCgct > 1:697385/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |