Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 646,354 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 646,354 | 0 | A | T | 99.7% | 740.0 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (137/172); minor base G (0/1); total (137/173) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 646,355 | 0 | G | C | 99.7% | 721.9 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (137/171); total (137/173) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 646,356 | 0 | C | G | 100.0% | 727.6 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (137/173); total (137/173) |
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
CGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGAGCCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTAGCATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCATTTTTGACCCGCGTGGCAGTCATGATCATGCAAGCATTAGGATTACAGGTTGTGATGCCTGAACTGCAACCGGACGCTTTCCCGTTCTGGGATAGTTGCATGATGGTGTTATCTATCGTGGCAATGATTCTGATGACGCGTAAGTATGTGGAAAACTGGCTGTTGTGGGTGATTATTAACGTGATTAGCGTCGTTATTTTTGCACTTCAGGGCGTTTACGCCATGTCTCTGGAGTACA > CP042583/646074‑646633 ||| cGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGt > 1:580831/1‑289 (MQ=255) aGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCt < 2:469308/288‑1 (MQ=255) ggTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCtgat < 1:1123746/288‑1 (MQ=255) aagtcccgtacggcGGGTTGTTGTGGATTGGCCTTAGCGTTCTGGAGGAGCTCAGCAGCTACTTCGTTGGCCTGATCAACGTTACCTTGTTTAGCATTATTGTCGTTCAGATTGAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCGTTGCCTGGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGAGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCtgatga < 2:320172/275‑1 (MQ=255) actaTCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCATGAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTa < 1:1250126/285‑1 (MQ=255) ccGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCaa > 2:927923/1‑289 (MQ=255) ccGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCaa > 1:457272/1‑289 (MQ=255) gTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATcc < 1:755400/288‑1 (MQ=255) gCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCAGTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGGTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTAGTTATCAATCCGgtg > 1:553741/1‑289 (MQ=255) gtATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTg < 2:1135809/288‑1 (MQ=255) gtttGGCTTTTACAGGCTGGAGAAGATCAGACAATACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGTTACCGCTGTATGCCAGACTGCTATTCCAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTCGTATTCGTGGTCGCGACAAACCAGACAGAACGAGGCGGAGTTGAAAAGTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCATTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTTGATTGGTCTGATGACGGTATTTATTAATCCGGTGTTTGCa < 2:1805281/287‑1 (MQ=255) aTTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCAt > 2:1849063/1‑289 (MQ=255) gCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCAttttt > 2:675580/1‑289 (MQ=255) 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gCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCGGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGTTGACGGTATTTATGAATCCGGTGTTTGCAttttttatcc > 2:245434/1‑284 (MQ=255) gCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTAACTGGTATCCATTGCCGAATGCACTCACCGCGTTGGCGGTTTGGGTTGTTTCGGTTGGTCTAGTGACGTGATTTATTAATCAGGTAtttcacttttttat > 2:1308219/1‑276 (MQ=255) ttGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGTGCAACGGCACGTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTCCAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCATTTTTGACCCGCGTgg < 2:1526041/288‑1 (MQ=255) ctgggtaacaTCAGCATCTACTTCTTTGGCCTGATCATCTTCACCTTTTTTGGCATTATTGTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCATTTTTGACCCGCGTgg < 2:344649/280‑1 (MQ=255) cTGGAGAAGTTCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCATTTTTGACCCGCGTgg < 2:518482/289‑1 (MQ=255) cTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCATTTTTGACCCGCGTgg < 1:1874029/289‑1 (MQ=255) cTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCATTTTTGACCCGCGTg < 1:655835/288‑1 (MQ=255) cTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCATTTTTGACCCGCGTg < 1:1320709/288‑1 (MQ=255) agaagaTCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCATTTTTGACCCGCGTGGCAg > 2:852261/1‑288 (MQ=255) 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actactTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGGTTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCATTTTTGACCCGCGTGGCAGTCATGATCATGCa < 2:1248190/289‑1 (MQ=255) ttcttTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCATTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCATTTTTGACCCGCGTGGCAGTCATGATCATGCAAGCAt < 1:195621/289‑1 (MQ=255) tcttTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGACTATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGTCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCATTTTTGACCCTCGTGGCAGGCCGTATCATGCAAGCAtt > 2:1155266/1‑289 (MQ=255) 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ggCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCATTTTTGACCCGCGTGGCAGTCATGATCATGCAAGCATTAGGATTACAGGTTGTGATGCCTGAACTGCAACCGGACGCTTTCCCGTTCTGGGATTCATGCATGATGGTGTTATCTATCGTGGCAATGATTCTGATGACGCGTAAGTATGTGGAAAACTGGCTGTTGTGGGTGATTATTAACGTGATTAGCGTCGTTATTTTTGCACTTCAGGGCGTTTACGCCATGTCTCTg < 1:183678/289‑1 (MQ=255) ggCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCATTTTTGACCCGCGTGGCAGTCATGATCATGCAAGCATTAGGATTACAGGTTGTGATGCCTGAACTGCAACCGGACGCTTTCCCGTTCTGGGATTCATGCATGATGGTGTTATCTATCGTGGCAATGATTCTGATGACGCGTAAGTATGTGGAAAACTGGCTGTTGTGGGTGATTATTAACGTGATTAGCGTCGTTATTTTTGCACTTCAGGGCGTTTACGCCATGTCTCTg < 2:1047132/289‑1 (MQ=255) ggTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCATTTTTGACCCGCGTGGCAGTCATGATCATGCAAGCATTAGGATTACAGGTTGTGATGCCTGAACTGCAACCGGACGCTTTCCCGTTCTGGGATTCATGCATGATGGTGTTATCTATCGTGGCAATGATTCTGATGACGCGTAAGTATGTGGAAAACTGGCTGTTGTGGGTGATTATTAACGTGATTAGCGTCGTTATTTTTGCACTTCAGGGCGTTTACGCCATGTCTCTGGa < 1:1001661/288‑1 (MQ=255) ||| CGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGAGCCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTAGCATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCATTTTTGACCCGCGTGGCAGTCATGATCATGCAAGCATTAGGATTACAGGTTGTGATGCCTGAACTGCAACCGGACGCTTTCCCGTTCTGGGATAGTTGCATGATGGTGTTATCTATCGTGGCAATGATTCTGATGACGCGTAAGTATGTGGAAAACTGGCTGTTGTGGGTGATTATTAACGTGATTAGCGTCGTTATTTTTGCACTTCAGGGCGTTTACGCCATGTCTCTGGAGTACA > CP042583/646074‑646633 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |