Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 438,520 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 438,520 | 0 | A | T | 99.6% | 596.5 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 438,521 | 0 | G | C | 99.2% | 579.4 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (141/106); minor base T (2/0); total (144/106) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.09e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 438,522 | 0 | T | A | 99.6% | 582.6 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (141/106); total (144/106) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
TGGATGGGTAGCGTTCATAACGTTCCCAATTATGTGATGGTCGGCGGCTTTTTTATTCTCGGCTTGTCTACCTTTAGTATTATGCTGGCAATTATCCTCAGCGCCTTTTTCATTGCCGCGGTAATGGTATTAAACGGTGCTGCGGGCAGTAAATACGGTGTGCCTTTTGCCATGATCCTGCGTGCTTCTTACGGTGTACGTGGTGCACTGTTTCCCGGATTATTAAGGGGCGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGAGTCTGGCCTGCTTGATTCTGATTGGCAAAATCTGGCCGGGATTTTTAACTCTCGGTGGTGATTTCACTCTGTTAGGCCTTTCTCTACCGGGCTTAATTACTTTCTTAATCTTCTGGCTGGTCAACGTTGGTATAGGTTTTGGCGGTGGCAAAGTTTTAAATAAATTCACTGCCATTCTTAACCCGTGCATCTATATCGTTTTCGGCGGTATGGCGATTTGGGCGATTAGTCTGGTCGGGATCGGTCCAATCTTTGACTACATTCCGAGCGGTATTCAGAAA > CP042583/438244‑438801 ||| tggatggGTTCGGTTCATAACGTTCCCAATTATGTGATGGTCGGCGGCTTTTTTATTCTCGGCTTGTCTACCTTTAGTATTATGCTGGCAATTATCCTCAGCGCCTTTTTCATTGCCGCGGTAATGGTATTAAACGGTGCTGCGGGCAGTAAATACGGTGTGCCTTTTGCCATGATCCTGCGTGCTTCTTACGGTGTACGTGGTGCACTGTTTCCCGGATTATTAAGGGGCGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGTCACTGGCCTGCt > 1:923721/1‑289 (MQ=255) 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TGGATGGGTAGCGTTCATAACGTTCCCAATTATGTGATGGTCGGCGGCTTTTTTATTCTCGGCTTGTCTACCTTTAGTATTATGCTGGCAATTATCCTCAGCGCCTTTTTCATTGCCGCGGTAATGGTATTAAACGGTGCTGCGGGCAGTAAATACGGTGTGCCTTTTGCCATGATCCTGCGTGCTTCTTACGGTGTACGTGGTGCACTGTTTCCCGGATTATTAAGGGGCGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGAGTCTGGCCTGCTTGATTCTGATTGGCAAAATCTGGCCGGGATTTTTAACTCTCGGTGGTGATTTCACTCTGTTAGGCCTTTCTCTACCGGGCTTAATTACTTTCTTAATCTTCTGGCTGGTCAACGTTGGTATAGGTTTTGGCGGTGGCAAAGTTTTAAATAAATTCACTGCCATTCTTAACCCGTGCATCTATATCGTTTTCGGCGGTATGGCGATTTGGGCGATTAGTCTGGTCGGGATCGGTCCAATCTTTGACTACATTCCGAGCGGTATTCAGAAA > CP042583/438244‑438801 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |