| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 663,392 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 663,392 | 0 | A | T | 99.5% | 453.7 / NA | 191 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (98/92); minor base G (0/1); total (98/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 663,393 | 0 | C | G | 98.4% | 446.2 / NA | 191 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (97/91); minor base T (1/2); total (98/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 663,394 | 0 | T | A | 98.4% | 447.4 / ‑4.9 | 191 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (97/91); minor base G (1/2); total (98/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
ACACGCTAACGTCACCATACCACGATGATAAGCATTCATATCACGAATATTAAAAAGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAAGCTACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTACTTAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGGCTGCTTTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCAGCAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGA > CP042583/663113‑663669 ||| cgatAACGTCAAAATACCACGAGGATATGCATTCATAACACGAATCTTGAAAAGGGTTTCATGCAATGTCTTTATGAATTCCCGCGTCTCCTGAAGCAACCTGTTACCTGCGTTTGGTAACGTAACCTGGCTAGTTGTACGCTAAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTATTTTATTCATCGAGTTCATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAAAGAACGGGACTCTGCCAGTATGACAAATGACTGCATACTTGAGAATTCATGc < 2:1539652/286‑1 (MQ=255) 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ACACGCTAACGTCACCATACCACGATGATAAGCATTCATATCACGAATATTAAAAAGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAAGCTACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTACTTAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGGCTGCTTTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCAGCAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGA > CP042583/663113‑663669 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |