Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 663,632 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 663,632 | 0 | A | T | 99.6% | 528.9 / NA | 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 663,633 | 0 | G | C | 99.6% | 519.3 / NA | 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (120/103); total (121/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.64e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 663,634 | 0 | C | G | 99.6% | 529.9 / NA | 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (121/102); total (121/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.60e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
GCTACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTACTTAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑GCTGCTTTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCAGCAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAAT > CP042583/663353‑663913 ||| cgaaCTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGgc > 1:1950387/4‑288 (MQ=255) 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aCAAATGCCTTCATACTTGATAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑CGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACAttt > 1:1402120/1‑289 (MQ=255) tccTTCATACTTTGTAAATCATGCTTCATTATTAATCCGGAAAATGGAAGCGACGC‑TTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATTAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTTATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCGGCGTGATGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGa < 2:1906082/288‑1 (MQ=255) gcgttCATACTGGGTAATTGATGCGGCATTATTACTCGGGAAAATGGAAG‑GGACGGTTTTGGGTGGCGGGACGTTAAAAATTTTAACGGCATGTAGCGAACTGAAAGGAATGAAAAAAGGTTATTAAGCGTTGGGGTAAAGTGATTAGGGAGGCTTTGCCCGTAATGTAACCATATCGGAATAAGTTATGGTTTTAAAGTGGGGGCATTATGATGAAAAAAATACCCTGCGTGAGGATGCGAGGTGG‑AACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGa < 2:221464/286‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |