| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 438,748 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 438,749 | 0 | G | C | 99.6% | 623.5 / NA | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (144/121); minor base T (1/0); total (145/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 438,750 | 0 | T | A | 99.2% | 621.7 / NA | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (144/121); minor base C (1/1); total (145/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
GGCGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGAGTCTGGCCTGCTTGATTCTGATTGGCAAAATCTGGCCGGGATTTTTAACTCTCGGTGGTGATTTCACTCTGTTAGGCCTTTCTCTACCGGGCTTAATTACTTTCTTAATCTTCTGGCTGGTCAACGTTGGTATAGGTTTTGGCGGTGGCAAAGTTTTAAATAAATTCACTGCCATTCTTAACCCGTGCATCTATATCGTTTTCGGCGGTATGGCGATTTGGGCGATTAGTCTGGTCGGGATCGGTCCAATCTTTGACTACATTCCGAGCGGTATTCAGAAAGCAGAAAACGGTGGCTTCCTGTTCCTGGTGGTGATTAACGCGGTAGTTGCGGTCTGGGCGGCACCGGCGGTGAGCGCATCCGACTTTACGCAAAACGCCCACAGCTTTCGTGAGCAGGCGCTGGGGCAAACGCTGGGTTTAGTTGTGGCCTATATTCTGTTTGCGGTCGCCGGGGTATGTATTATTGCCGGAGCCAGTATTCACTACGGCGCTGATACCTGGAACGT > CP042583/438472‑439028 ||| cGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGTCACTGGCCTGCTTGATTCTGATTGGCAAAATCTGGCCGGGATTTTTAACTCTCGGTGGTGATTTCACTCTGTTAGGCCTTTCTCTACCGGGCTTAATTACTTTCTTAATCTTCTGGCTGGTCAACGTTGGTATAGGTTTTGGCGGTGGCAAAGTTTTAAATAAATTCACTGCCATTCTTAACCCGTGCATCTATATCGTTTTCGGCGGTATGGCGATTTGGGCGATTTCACTGGTCGGGAt < 1:1098151/288‑1 (MQ=255) 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tGGGCGATTTCACTGGTCGGGATCGGTCCAATCTTTGACTACATTCCGAGCGGTATTCAGAAAGCAGAAAACGGTGGCTTCCTGTTCCTGGTGGTGATTAACGCGGTAGTTGCGGTCTGGGCGGCACCGGCGGGGAGCGCATCCGACTTTACGCAAAACGCCCACTCGTTTCGTGAGCAGGCGCTGGGGCAAACGCTGGGTTTAGTTGTGGCCTATATTCTGTTTGCGGTCGCCGGGGTATGTATTATTGCCGGAGCCAGTATTCACTACGGGGCTGATACCTGGa > 1:1191927/1‑286 (MQ=255) gggCGATTTCACTGGTCGGGATCGGTCCAATCTTTGACTACATTCCGAGCGGTATTCAGAAAGCAGAAAACGGTGGCTTCCTGTTCCTGGTGGTGATTAACGCGGTAGTTGCGGTCTGGGCGGCACCGGCGGTGAGCGCATCCGACTTTACGCAAAACGCCCACTCGTTTCGTGAGCAGGCGCTGGGGCAAACGCTGGGTTTAGTTGTGGCCTATATTCTGTTTGCGGTCGCCGGGGTATGTATTATTGCCGGAGCCAGTATTCACTACGGCGCTGATACCTGGAACGt < 2:467281/289‑1 (MQ=255) ggCGATTTCACTGGTCGGGATCGGTCCAATCTTTGACTACATTCCGAGCGGTATTCAGAAAGCAGAAAACGGTGGCTTCCTGTTCCTGGTGGTGATTAACGCGGTAGTTGCGGTCTGGGCGGCACCGGCGGTGAGCGCATCCGACTTTACGCAAAACGCCCACTCGTTTCGTGAGCAGGCGCTGGGGCAAACGCTGGGTTTAGTTGTGGCCTATATTCTGTTTGCGGTCGCCGGGGTATGTATTATTGCCGGAGCCAGTATTCACTACGGCGCTGATACCTGGa > 2:70984/1‑284 (MQ=255) ||| GGCGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGAGTCTGGCCTGCTTGATTCTGATTGGCAAAATCTGGCCGGGATTTTTAACTCTCGGTGGTGATTTCACTCTGTTAGGCCTTTCTCTACCGGGCTTAATTACTTTCTTAATCTTCTGGCTGGTCAACGTTGGTATAGGTTTTGGCGGTGGCAAAGTTTTAAATAAATTCACTGCCATTCTTAACCCGTGCATCTATATCGTTTTCGGCGGTATGGCGATTTGGGCGATTAGTCTGGTCGGGATCGGTCCAATCTTTGACTACATTCCGAGCGGTATTCAGAAAGCAGAAAACGGTGGCTTCCTGTTCCTGGTGGTGATTAACGCGGTAGTTGCGGTCTGGGCGGCACCGGCGGTGAGCGCATCCGACTTTACGCAAAACGCCCACAGCTTTCGTGAGCAGGCGCTGGGGCAAACGCTGGGTTTAGTTGTGGCCTATATTCTGTTTGCGGTCGCCGGGGTATGTATTATTGCCGGAGCCAGTATTCACTACGGCGCTGATACCTGGAACGT > CP042583/438472‑439028 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |