| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 684,143 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 684,143 | 0 | A | T | 100.0% | 496.8 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (118/90); total (118/90) | |||||||||||
| * | CP042583 | 684,144 | 0 | G | C | 99.0% | 483.6 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (117/89); total (118/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 684,145 | 0 | T | A | 99.5% | 493.2 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (118/89); total (118/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
CCATCGCGGGCGTAATATATCTGTTTTTACTCTCTTTGGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGAGTGGCATTATCAGCCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGAAGAGTTGTGGAGTCCGGTTCGTT‑GCGCTTTTACAGGTGCATTAACACTCTATTACTATTTTATCGGCTTCTTTGGGATACTTGCCGCGATAGCTATAACGCTTGTCTGGCAAAGGCATACGCGTTTTTTTCATTAACCGTAAATGCACATACTAAAGAACTTAACTAAACTTCACATCGCCGCTTCATTTTTCGCCCGTAGCTTCTTCGCCTGGCTT > CP042583/683865‑684421 ||| ccATCGCGGGCGTAATATATCTGTTTTTACTCTCTTTGGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTCTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTa > 1:509059/1‑288 (MQ=255) gTAATATATCTGTTTTTACTCTCTTTGGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGa < 2:72935/288‑1 (MQ=255) atCTGTTTTTACTCTCTTTGGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATaa < 2:648095/289‑1 (MQ=255) cTGTTTTTACTCTCTTTGGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATaa > 1:474395/1‑287 (MQ=255) cTGTTTTTACTCTCTTTGGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAg > 2:1406568/1‑288 (MQ=255) tttACTCTCTTTGGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATAATCTCGCATTGACGAAATAAGCTccgt > 2:779189/1‑287 (MQ=255) tctTTGGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTgg < 1:1565317/289‑1 (MQ=255) ctTTGGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGc > 1:1431292/1‑289 (MQ=255) ctTTGGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGc > 1:91054/1‑289 (MQ=255) ggtggCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCgggg < 1:360186/289‑1 (MQ=255) cGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAAt > 2:447600/1‑288 (MQ=255) aTTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGGTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCATGAATTAGCTTGCACTGACGAAATAAGTTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGcc > 2:1852298/1‑289 (MQ=255) gTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATa < 1:1403181/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |