| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 689,895 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 689,895 | 0 | G | C | 99.2% | 593.2 / NA | 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (120/135); total (122/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 689,896 | 0 | C | G | 99.2% | 602.9 / NA | 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (121/136); minor base T (1/1); total (122/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 689,897 | 0 | T | A | 98.5% | 594.8 / NA | 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (121/135); minor base G (1/3); total (122/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
GGGTTTGTACATCAATAAGCGGTTCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGGC‑TACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGACGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGCTTGCT > CP042583/689618‑690173 |||| gggTTTGTAAATCAATAAGCGGTGCAAAGGGCTGCCCGTTGTCCGCCGCTCGCTGCCTTTGCCAGATCTACCAGATCCCTCCGACATGCCCCTG‑AAAAAGTGTGGCGGTATTCGGCTCCCTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGGGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCCCCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCa < 2:1205418/288‑1 (MQ=255) ttttGTCCATCTATCACCGGTTCAAACGTATGCCCGTTGTCCTCCGCTCGATGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCCACATACCCCGGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGCCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATACCCTCCAGACCGCGAATTTACCCCGCCTGCATTTTCGCGATCAGTTCCTGACGTTTATCGCTTATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATgg < 2:1912768/288‑1 (MQ=255) tGTACATCAATAAGCGGTTCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCAACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGCTCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATTGTGGCGTCGTTGCAGGGCG‑ACCCGGGCATGgtgt > 2:1613820/1‑289 (MQ=255) gTACATCAATAAGCGGTTCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCTCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCCTGGtgtg > 2:185950/1‑289 (MQ=255) cAATAAGCGGTTCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGCTCAGTTCCCGACGGTTAACGCTGATGGTGGCCTCGATGTAGGGCG‑AACCGTCCATGGTGTGGGTGaa > 2:1119017/1‑289 (MQ=255) aGCGGTTCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGGGGGTGAAATCCa > 2:1563471/1‑289 (MQ=255) taaaaaGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGcgccg < 1:819827/287‑1 (MQ=255) 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cAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGcgcc > 2:495023/1‑287 (MQ=255) tGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTCCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCCCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGGGGGTGAAATCCACCGCAGCTTCGCTa > 2:1349349/1‑288 (MQ=255) gCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACg < 1:836849/289‑1 (MQ=255) gCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACg < 1:495023/289‑1 (MQ=255) cccGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGt > 1:1374995/1‑264 (MQ=255) tccGCGCGCTGAGTTGGCCAGATCTGCCAGTTCCCTTCGACATACCCCTTGAAAAAGT‑TGGCGGTATTCGGCCCACTGCCGTCGGTGTTCACCGGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCCCCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTa < 2:1377454/289‑1 (MQ=255) 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cgggcGATGTAGGGCG‑GACCGGTGAGGGACTTGGTGACATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTGCCAGTAAACTCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTCGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACGCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAGCGCACAGCGCCCGTACGCGACGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCGCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGc < 2:142656/284‑1 (MQ=255) cggggATGTAGGGCG‑AACGGGGCATGGTGTGGGTGAAATCCGGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCAAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGACGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTAACCCAGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGCt < 2:701568/284‑1 (MQ=255) gTCGATGTAGGGCG‑AACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGACGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGCtt > 1:1090152/1‑288 (MQ=255) |||| GGGTTTGTACATCAATAAGCGGTTCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGT‑TAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGGC‑TACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGACGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGCTTGCT > CP042583/689618‑690173 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |