| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 690,205 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 690,206 | 0 | C | G | 99.6% | 586.6 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (132/115); minor base A (0/1); total (132/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 690,207 | 0 | T | A | 99.2% | 586.6 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (131/116); minor base C (1/1); total (132/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
CTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGACGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGCTTGCTCCATGGTGGGATCGGGTTGCTCATCGTTAGCGCTCTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAGAATGTCCGGTTCATGCATCAGGCTACAGGCCAGCGCCAGCCGCTGTTTAAAACCTAATGGCAGTTCATCGGT > CP042583/689930‑690483 ||| cTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGACGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGCTTGCTCCATGGTGGGATCGGGTTGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCa > 1:358905/1‑289 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tCGGGTTGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAGAATGTCCGGTTCATGCATCCGCGAACAGGCCAGCGCTCACCGCTGTTTAAAACCGAAGGGCa > 2:491972/1‑289 (MQ=255) cGGGTTGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAGAATGTCCGGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCGCCAGCCGCTGTTTAAAACCTAATGGCAg < 2:562848/289‑1 (MQ=255) cGGGTTGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAGAATGTCCGGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCGCCAGCCGCTGTTTAAAACCTAATGGCAg < 1:1480637/289‑1 (MQ=255) ||| CTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGACGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGCTTGCTCCATGGTGGGATCGGGTTGCTCATCGTTAGCGCTCTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAGAATGTCCGGTTCATGCATCAGGCTACAGGCCAGCGCCAGCCGCTGTTTAAAACCTAATGGCAGTTCATCGGT > CP042583/689930‑690483 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |