Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 697,740 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 697,740 | 0 | A | T | 98.7% | 544.6 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (111/118); minor base C (3/0); total (115/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.17e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 697,741 | 0 | G | C | 99.6% | 548.5 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (114/118); minor base A (1/0); total (115/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 697,742 | 0 | T | A | 99.1% | 545.0 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (113/117); minor base C (1/1); total (115/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
ATTGTTATTCCCCGGATGCGCGTTGAGCCTTCCATCGACAACGAAGAGCAGCATATTGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGAGTTTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCAGCTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCA > CP042583/697461‑698021 ||| aTTGTTATTCCCCGGATGCGCGTTGAGCCTTCCATCGACAACGAAGAGCAGCATATTGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCg < 1:1699750/289‑1 (MQ=255) aTTGTGATTCCCCGGATGGGCGGTGAGGCTTCCATCGAAAACGAAGAGCAGCATATTGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCg < 2:526469/289‑1 (MQ=255) ttGTTATTCCCCGGATGCGCGTTGAGCCTTCCATCGACAACGAAGAGCAGCATATTGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGa < 2:294082/289‑1 (MQ=255) atgccccGGATGCGCGTGGAGCCTTCCATCGACAACGAAGAGCAGCATATTGCCTAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGc < 2:905891/286‑1 (MQ=255) 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aTCGAAAACGGAGAGCCGCATATTGCCGAAAGGGCGGCCTGTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGTTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTGGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGcc < 2:1440951/289‑1 (MQ=255) aaCGAAGAGCAGCATATTGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGc < 1:1284452/289‑1 (MQ=255) cGAAGAGCAGCATATTGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGTCGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCat > 1:286335/1‑289 (MQ=255) 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ggCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGAt > 1:1304455/1‑288 (MQ=255) gCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATg < 2:765620/288‑1 (MQ=255) ||| ATTGTTATTCCCCGGATGCGCGTTGAGCCTTCCATCGACAACGAAGAGCAGCATATTGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGAGTTTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCAGCTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCA > CP042583/697461‑698021 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |