Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 700,778 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 700,778 | 0 | A | T | 99.7% | 687.4 / NA | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 700,779 | 0 | C | G | 100.0% | 685.8 / NA | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (140/147); total (140/147) | |||||||||||
* | CP042583 | 700,780 | 0 | T | A | 100.0% | 691.4 / NA | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (140/147); total (140/147) |
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
AGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAAACTCAGAGTACTAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACGAGAGATAAAATCGAAGAGAATTGACCGCCTTGTTCAAATAAATTGATTGATATCTAACCTACTGATAAACCATTTATTTGTTGTACTTATGAACTTGTTTTATACCGCGTGGCAGTCACAGCAGCGTTAAAGGCACGGAATGACACGCAAAA > CP042583/700500‑701046 ||| gTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑a < 2:267858/288‑1 (MQ=255) 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cTACGTATTACTTATAAATAACCGCAGTACCGCTTTATTTATTGTTGTTGGTGGCGGGAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGCGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGAAGAAACAACAGTa > 2:1569383/1‑254 (MQ=255) cTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGAt < 1:486660/289‑1 (MQ=255) aCGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGAttt < 1:1939783/289‑1 (MQ=255) 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cGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGCGTATCCCGTTTTTTTACGAGAGATAAAATCGAAGAGAATTGACCGCCTTGTTCAAATAAATTGATTGATATCTAACCTACTGATAAACCATTTATTTGTTGTACTTATGAACTTGTTTTATACCGCGTGGCAGTCACAGCAGCGTTAAAg > 1:694822/1‑288 (MQ=255) tACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACGAGAGATAAAATCGAAGAGAATTGACCGCCTTGTTCAAATAAATTGATTGATATCTAACCTACTGATAAACCATTTATTTGTTGTACTTATGAACTTGTTTTATACCGCGTGGCAGTCACAGCAGCGTTAAAGGCa < 1:135387/288‑1 (MQ=255) tCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACGAGAGATAAAATCGAAGAGAATTGACCGCCTTGTTCAAATAAATTGATTGATATCTAACCTACTGATAAACCATTTATTTGTTGTACTTATGAACTTGTTTTATACCGCGTGGCAGTCACAGCAGCGTTAAAGGCACGGAATg > 2:1482279/1‑288 (MQ=255) ccgccgCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACGAGAGATAAAATCGAAGAGAATTGACCGCCTTGTTCAAATAAATTGATTGATATCTAACCTACTGATAAACCATTTATTTGTTGTACTTATGAACTTGTTTTATACCGCGTGGCAGTCACAGCAGCGTTAAAGGCACGGAATGac < 2:824821/289‑1 (MQ=255) cgcgAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACGAGAGATAAAATCGAAGAGAATTGACCGCCTTGTTCAAATAAattgat > 2:1123286/1‑188 (MQ=255) cgcgAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACGAGAGATAAAATCGAAGAGAATTGACCGCCTTGTTCAAATAAattgat < 1:1123286/188‑1 (MQ=255) ||| AGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCT‑GGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAAACTCAGAGTACTAAGAGCCAT‑‑‑AGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACGAGAGATAAAATCGAAGAGAATTGACCGCCTTGTTCAAATAAATTGATTGATATCTAACCTACTGATAAACCATTTATTTGTTGTACTTATGAACTTGTTTTATACCGCGTGGCAGTCACAGCAGCGTTAAAGGCACGGAATGACACGCAAAA > CP042583/700500‑701046 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |