| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 703,511 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 703,511 | 0 | G | C | 99.5% | 436.2 / NA | 191 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 703,512 | 0 | C | G | 99.0% | 442.2 / NA | 191 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (107/81); minor base T (1/1); total (109/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 703,513 | 0 | T | A | 98.9% | 434.0 / ‑4.9 | 191 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (106/81); minor base G (1/1); total (109/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
CCACGCCGGTACTGACATCATGACCGATAGAACCGGTATAGAACGTGCTGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGACTCCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTGCTCGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGGCTCCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTGCTA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCGATGGTCGGAATGCCGCCGTCTGGCGTGTTGTGCTGGGTGACATGCAGATAATTAAGATACAAACGATTCGCTGTACCAAGGCCAAAAGCGACAGAAGGGGCGACGC‑CGTAACGCTCATTTTTGACTTTGTCGCGTCCGGCATCGTGCGTTTTTTCGCCCATTACATTCAGGCG > CP042583/703231‑703792 ||| ccACGCCGGTACTGACATCATGACCGATAGAACCGGTATAGAACGTCGAGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAA‑tcg‑tc < 1:541214/289‑1 (MQ=255) 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aCGCAGTGTGGCGGTGTTGGTGGGGTAG‑TGG‑TCGTAATCGGAATCCTTGCCTTAACAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCGATGGTCGGAATGCCGCCGTCTGGCGTGTTGTGCTGGGTGACATGCAGATAATTAAGATACAAACGATTCGCTGTACCAAGGCCAAAAGCGACAGAAGGGGCGACGC‑CGTAACGCTCATTTTTGACTTTGTCGCGTCCGGCATCGTGCGTTTTTTCg < 2:1698323/289‑1 (MQ=255) tggtggCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCGATGGTCGGAATGCCGCCGTCTGGCgtg < 2:110864/155‑1 (MQ=255) ggCGGTGTCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCGATGGTCGGAATGCCGCCGTCTGGCGTGTTGTGCTGGGTGACATGCAGATAATTAAGATACAAACGATTCGCTGTACCAAGGCCAAAAGCGACAGAAGGGGCGACGC‑CGTAACGCTCATTTTTGACTTTGTCGCGTCCGGCATCGTGCGTTTTTTCGCCCATTACa > 1:88069/1‑289 (MQ=255) tCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCGATGGTCGGAATGCCGCCGTCTGGCGTGTTGTGCTGGGTGACATGCAGATAATTAAGATACAAACGATTCGCTGTACCAAGGCCAAAAGCGACAGAAGGGGCGACGC‑CGTAACGCTCATTTTTGACTTTGTCGCGTCCGGCATCGTGCGTTATTTCGCCCATTACATTCAgg > 1:1887823/1‑288 (MQ=255) tCGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCGATGGTCGGAATGCCGCCGTATGGCGTGTTGTGCTGGGTGACATGCAGGTAATTAAGATACAAAAGAATCGCTGTACCACGGCCAAAAGCGACAGAAGGGGCGAAGCACGAACCGCT‑ACTTTTGAACTTCTCACTTCCTGCATCGTTCGTTTCTTCGCCCagtcagtctagg > 2:1242165/1‑277 (MQ=255) cGGTGGTCGAA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCGATGGTCGGAATGCCGCCGTCTGGCGTGTTGTGCTGGGTGACATGCAGATAATTAAGATACAAACGATTCGCTGTACCAAGGCCAAAAGCGACAGAAGGGGCGACGC‑CGTAACGCTCATTTTTGACTTTGTCGCGTCCGGCATCGTGCGTTTTTTCGCCCATTACATTCAGgcg < 1:1511951/289‑1 (MQ=255) ||| CCACGCCGGTACTGACATCATGACCGATAGAACCGGTATAGAACGTGCTGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGACTCCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTGCTCGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGGCTCCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTGCTA‑TCG‑TCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCGATGGTCGGAATGCCGCCGTCTGGCGTGTTGTGCTGGGTGACATGCAGATAATTAAGATACAAACGATTCGCTGTACCAAGGCCAAAAGCGACAGAAGGGGCGACGC‑CGTAACGCTCATTTTTGACTTTGTCGCGTCCGGCATCGTGCGTTTTTTCGCCCATTACATTCAGGCG > CP042583/703231‑703792 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |