Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 717,411 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 717,411 | 0 | A | T | 99.6% | 523.7 / NA | 223 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 717,412 | 0 | G | C | 100.0% | 525.1 / NA | 223 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (113/110); total (113/110) | |||||||||||
* | CP042583 | 717,413 | 0 | C | G | 98.7% | 522.6 / NA | 223 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (110/110); minor base T (3/0); total (113/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
ACCGCGGCTGGTGTGGAGTTGTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTAAGCCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGAAGCCTGGCAAATTTGATTGCGCTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATAGTATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGT > CP042583/717137‑717691 ||| tGGTGTGGAGTTGTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGcc < 1:502520/289‑1 (MQ=255) 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ggggCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATAttgttg < 1:799903/289‑1 (MQ=255) gggCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATAttgttg < 2:269622/288‑1 (MQ=255) cTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGa > 1:988586/1‑289 (MQ=255) tataTCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAg < 2:685067/269‑1 (MQ=255) tataTCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACt > 1:1522313/1‑289 (MQ=255) tataTCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACt > 2:346430/1‑289 (MQ=255) tataTCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCCATCTGAACCCGGGTTATGGTTAATGGCAAGCGGTTTATCGCTGGTGACCAGTAACGTGCCGAGTCCCATATTGTTGCTGAACt > 2:1423344/1‑289 (MQ=255) cGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTAtgt > 1:61198/1‑288 (MQ=255) aCGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTg > 1:1710845/1‑249 (MQ=255) 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gcTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTttatta < 1:127846/289‑1 (MQ=255) gtGGGGTTCAAACAAGGGTTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTttatta < 2:509616/287‑1 (MQ=255) cAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTgccgc > 2:1215837/1‑269 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |