| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 717,591 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 717,591 | 0 | A | T | 99.6% | 522.6 / NA | 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 717,592 | 0 | G | C | 98.6% | 516.6 / NA | 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (119/98); minor base A (2/1); total (122/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 717,593 | 0 | T | A | 98.6% | 507.6 / NA | 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base A (118/97); total (122/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
CGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTAAGCCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGAAGCCTGGCAAATTTGATTGCGCTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATAGTATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTAATCGCTTCATCAAGAACAACCTGGTCAACATCTGGCTGACCGGTCACTGTCTGCACGCTCTTCGTCAGGGTAATTGGCACAATTTCCTGACCTTCAAACTGGGCTTCGGTGGTAGACA > CP042583/717314‑717872 ||| tCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTTCAAGGCGTTTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTACCGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGTTTATTACCGGGATCGCTAGCAAATTTGATTGCGCTACGTATTGCGAACGATCGCCGCATCTCGTGGCGTTTCCATCCCTCTTCAATACCGATGCt > 1:1784860/1‑289 (MQ=255) 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aCGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGCGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTCGGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTGGCTTTAAGTTTTGAAGATTAACTCAGACGAACCGGCATCCCGGCGCGGTTTTTACTCGCTTCATCACGAAAAAACTGGTCAACATCTGGCTGACCGGTCCCTGCCTGCACGCTCTTCGTCAGGGTAATTGGCACAATTGccgg > 2:675301/1‑286 (MQ=255) cgccgcATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAGGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATACAGACGAACCGGCATCACGGAGCGGTTTTTAATCGCTTCATCAAGAACAACCTGGTCAACATCTGGCTGACCGGTTACTGTCTGAACGACCTTCGTCAGGGACATTGGCACAATTTCCTGACCttg > 2:363259/1‑288 (MQ=255) tggCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAGGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTAATCGCTTCATCAAGAACAACCTGGTCAACATCTGGCTGACCGGTCACTGTCTGCACGCTCTTCGTCAGGGTAATTGGCACAATTTCCTGACCTTCAAACTGGGCtt < 1:162338/288‑1 (MQ=255) 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CGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTAAGCCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGAAGCCTGGCAAATTTGATTGCGCTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATAGTATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTAATCGCTTCATCAAGAACAACCTGGTCAACATCTGGCTGACCGGTCACTGTCTGCACGCTCTTCGTCAGGGTAATTGGCACAATTTCCTGACCTTCAAACTGGGCTTCGGTGGTAGACA > CP042583/717314‑717872 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |