| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 461,889 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 461,889 | 0 | A | T | 99.2% | 599.0 / ‑5.2 | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 461,890 | 0 | G | C | 98.8% | 590.4 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/0); new base C (135/118); total (138/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 461,891 | 0 | C | G | 98.8% | 598.4 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base G (135/118); total (138/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
ACACAAGGTTTTTATACCCTTGATGATGTTGCGTATCGTCGAATGGAGGGGTACGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTT‑ACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTAGTCAAAGTCTTAATGACTTTGGCAGCCTTTATATTTCTGGTACCCATCAAAAATACTGGAATACTAGCGATAGTGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATAGCCTC‑AGTTTTAGCTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATAACGAACGTATTGTCGGACTTAATGTTAGTGTGCCTTTCAATGTTTTGACCAAACGTCGCTACACCCGGGAAAATGCGCTCGACCGCGCTTATGCCTCCTTTAACGCCAACCGTAACAGCAACGGGCAAAATAGCTGGCTGGCAGGTGTAGGTGGGACCTTACTGGAAGGCCACAACCTGAGTTATCACGTAAGCCAGGGTGATACCAGCAATAATGGGTACACGGGCAGC > CP042583/461613‑462161 ||| ccTTGATGATGTTGCGTATCGTCGAATGGAGGGGTACGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTT‑ACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTACCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTC‑TCATTTTCGTGGAATGAATCTGTa > 1:1762417/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |