| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 461,895 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 461,895 | 0 | A | T | 98.8% | 596.5 / NA | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/1); new base T (133/118); total (137/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 461,896 | 0 | G | C | 99.2% | 595.4 / ‑2.2 | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (134/119); minor base . (2/0); total (137/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 461,897 | 0 | T | A | 98.8% | 597.3 / ‑5.6 | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base A (134/118); total (137/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
CCTTGATGATGTTGCGTATCGTCGAATGGAGGGGTACGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTT‑ACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTAGTCAAAGTCTTAATGACTTTGGCAGCCTTTATATTTCTGGTACCCATCAAAAATACTGGAATACTAGCGATAGTGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTA‑TAGCC‑TCAGTTTTAGCTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATAACGAACGTATTGTCGGACTTAATGTTAGTGTGCCTTTCAATGTTTTGACCAAACGTCGCTACACCCGGGAAAATGCGCTCGACCGCGCTTATGCCTCCTTTAACGCCAACCGTAACAGCAACGGGCAAAATAGCTGGCTGGCAGGTGTAGGTGGGACCTTACTGGAAGGCCACAACCTGAGTTATCACGTAAGCCAGGGTGATACCAGCAATAATGGGTACACGGGCAGC > CP042583/461630‑462161 ||| ccTTGATGATGTTGCGTATCGTCGAATGGAGGGGTACGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTT‑ACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTACCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTA‑TTCGC‑TCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTa > 1:1762417/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |