| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 726,557 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 726,558 | 0 | G | C | 100.0% | 625.2 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (135/129); total (135/129) | |||||||||||
| * | CP042583 | 726,559 | 0 | T | A | 99.6% | 629.7 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (135/128); minor base G (0/1); total (135/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
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tCTGGATACTTCAGACGTTGTTGCGGTGAAGGCGCTGTCACGTATTTTTCCGCTGGCGGGTGTGACCACTAACCCAAGCATTATCGCCGCGGGTAAAAAACCGCTGGATGTTGTGCTTCCGCAACTTCATGAAGCGATGGGCGGTCAGGGGCGTCTGTTTGCCCAGGTAATGGCTACCACTGCCGAAGGGATGGTTAATGACGCGCTTAAGCTGCGGTTTATTATTTGGGATATCGTGGTGAAAGTTCCGGTGACCGCCGAGGGGCTGGCAGCTATTAAGATGTGaaaa > 1:1292495/1‑289 (MQ=255) ggATACTTCAGACGTTGTTGCGGTGAAGGCGCTGTCACGTATTTTTCCGCTGGCGGGTGTGACCACTAACCCAAGCATTATCGCCGCGGGTAAAAAACCGCTGGATGTTGTGCTTCCGCAACTTCATGAAGCGATGGGCGGTCAGGGGCGTCTGTTTGCCCAGGTAATGGCTACCACTGCCGAAGGGATGGTTAATGACGCGCTTAAGCTGCGTTCTATTATTGCGGATATCGTGGTGAAAGTTCCGGTGACCGCCGAGGGGCTGGCAGCTATTAAGATGTTAAAAGCg > 1:1214161/1‑289 (MQ=255) ||| ATCCTGCGTGCGGGCGCGGCTTTCCGGGTTCTGACACCAGCGGCAGCCCAGGCTACAGCCTTTAAGAAATACGACCGTGCGGATACCGGGGCCATCATGGGTGCTGTAGCGCTGAATATTGAAAATCATAGTTGCCTCTCTATTTCGTTCAAGCATTAAAATACTTTCGAATGAAAGTTAGATTGATGTGCGTCAACTGTTCAGAGAGTTTTCCCGTGATAGTCTACATTCAGACAAAAAGTACATTTTGAGGATGGTTATGGAACTGTATCTGGATACTAGTGACGTTGTTGCGGTGAAGGCGCTGAGTCGTATTTTTCCGCTGGCGGGTGTGACCACTAACCCAAGCATTATCGCCGCGGGTAAAAAACCGCTGGATGTTGTGCTTCCGCAACTTCATGAAGCGATGGGCGGTCAGGGGCGTCTGTTTGCCCAGGTAATGGCTACCACTGCCGAAGGGATGGTTAATGACGCGCTTAAGCTGCGTTCTATTATTGCGGATATCGTGGTGAAAGTTCCGGTGACCGCCGAGGGGCTGGCAGCTATTAAGATGTTAAAAGCG > CP042583/726277‑726838 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |