Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 726,893 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 726,893 | 0 | A | T | 99.5% | 467.4 / NA | 200 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 726,894 | 0 | G | C | 99.5% | 461.4 / NA | 200 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (94/104); total (94/106) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 726,895 | 0 | C | G | 99.5% | 475.3 / NA | 200 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (93/106); total (94/106) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
CTAACCCAAGCATTATCGCCGCGGGTAAAAAACCGCTGGATGTTGTGCTTCCGCAACTTCATGAAG‑CGATGGGCGGTCAGGGGCGTCTGTTTGCCCAGGTAATGGCTACCACTGCCGAAGGGATGGTTAATGACGCGCTTAAGCTGCGTTCTATTATTGCGGATATCGTGGTGAAAGTTCCGGTGACCGCCGAGGGGCTGGCAGCTATTAAGATGTTAAAAGCGGAAGGGATTCCGACGCTGGGAACCGCGGTATATGGCGCAGCACAAGGGCTGCTGAGCGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGTATTGATGCTCAGGGCGGTAGCGGCATTCAGACTGTGACCGACTTACACCA‑GTTATTGAAAATGCATGCGCCGCAGGCGAAAGTGCTGGCAGCGAGTTTCAAAACCCCGCGTCAGGCGCTGGACTGCTTACTGGCAGGATGTGAAAGTATTACTCTGCCACTGGATGTGGCACAACAGATGATTAGCTATCCGGCGGTTGATGCCGCTGTGGCGAAGTTTGAGCAGGACTGGCAGG > CP042583/726615‑727172 ||| gcaaacaaggCATTAGCGCAGCGGGTAAAAAACGGCTGAGTGTTTTGTATCCCCAATGTCA‑GAGGACGAGGGGGGGTCAGGGGCGCTTGTTTGCCCAGGTAATGGCTACCACTGCCGAAGGGATGGTTAATGAAGCGCTTAAGCTGAGTTCTATTATTGCGGCTATCGTGATGAAAGTTCCGGTGACCGCAGAGGGGCTGGCAGCTATTAAGATGTTAAAAGCGGAAGGGATTCCGACGCTGGGAACCGCGGTATATGGCGCAGCACAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGc < 2:1389618/280‑1 (MQ=255) cTAACCCAAGCATTATCGCCGCGGGTAAAAAACCGCTGGATGTTGTGCTTCCGCAACTTCATGAAG‑CGATGGGCGGTCAGGGGCGTCTGTTTGCCCAGGTAATGGCTACCACTGCCGAAGGGATGGTTAATGACGCGCTTAAGCTGCGTTCTATTATTGCGGATATCGTGGTGAAAGTTCCGGTGACCGCCGAGGGGCTGGCAGCTATTAAGATGTTAAAAGCGGAAGGGATTCCGACGCTGGGAACCGCGGTATATGGCGCAGCACAAGGGCTGCGGTCGGCGCTGGc > 1:1887869/1‑289 (MQ=255) tAACCCAAGCATTATCGCCGCGGGTAAAAAACCGCTGGATGTTGTGCTTCCGCAACTTCATGAAG‑CGATGGGCGGTCAGGGGCGTCTGTTTGCCCAGGTAATGGCTACCACTGCCGAAGGGATGGTTAATGACGCGCTTAAGCTGCGTTCTATTATTGCGGATATCGTGGTGAAAGTTCCGGTGACCGCCGAGGGGCTGGCAGCTATTCAGATGTTAAAAGCGGAAGGGATTCCGACGCTGGGAACCGCGGTATTTGGGCCAGCACAAGGGCCGCTGGCGGCCCTGGCa > 2:541242/1‑289 (MQ=255) tcaaagcagtggcgcggcGGGTAAAAAACCGCATGAGATTGTGATTCCGCAACTTCAGGAAG‑CGATGGGCGCTCAGGGGCGTCTGTTTGCCCAGGTAATGGCTACCACTGCCGAAGGGATGGTTAATGACGCGCTTAAGCTGCGTTCTATTATTGCGGATATCGTGGTGAAAGTTCCGGTGACCGCCGAGGGGCTGGCAGCTATTAAGATGTTAAAAGCGGAAGGGATTCCGACGCTGGGAACCGCGGTATATGGCGCAGCACAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGt < 2:1854641/277‑1 (MQ=255) 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CTAACCCAAGCATTATCGCCGCGGGTAAAAAACCGCTGGATGTTGTGCTTCCGCAACTTCATGAAG‑CGATGGGCGGTCAGGGGCGTCTGTTTGCCCAGGTAATGGCTACCACTGCCGAAGGGATGGTTAATGACGCGCTTAAGCTGCGTTCTATTATTGCGGATATCGTGGTGAAAGTTCCGGTGACCGCCGAGGGGCTGGCAGCTATTAAGATGTTAAAAGCGGAAGGGATTCCGACGCTGGGAACCGCGGTATATGGCGCAGCACAAGGGCTGCTGAGCGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGTATTGATGCTCAGGGCGGTAGCGGCATTCAGACTGTGACCGACTTACACCA‑GTTATTGAAAATGCATGCGCCGCAGGCGAAAGTGCTGGCAGCGAGTTTCAAAACCCCGCGTCAGGCGCTGGACTGCTTACTGGCAGGATGTGAAAGTATTACTCTGCCACTGGATGTGGCACAACAGATGATTAGCTATCCGGCGGTTGATGCCGCTGTGGCGAAGTTTGAGCAGGACTGGCAGG > CP042583/726615‑727172 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |