Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 731,068 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 731,068 | 0 | A | T | 100.0% | 569.0 / NA | 242 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 731,069 | 0 | G | C | 99.6% | 557.4 / NA | 242 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (99/142); minor base T (0/1); total (99/143) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 731,070 | 0 | C | G | 100.0% | 567.2 / NA | 242 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (99/143); total (99/143) |
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
GATTGCCGAAAGTATTCGTCTGCATCAGAACGCCAGTCGTGAAGAAGCGATGGTCGAGGCGAAGCGGATGCTGGATCAGGTACGCATTCCTGAGGCACAAACCATTCTTAGTCGTTATCCGCATCAACTCTCTGGCGGGATGCGCCAGCGAGTGATGATTGCGATGGCGCTGAGTTGCCGCCCGGCGGTGCTGATTGCCGATGAGCCAACCACCGCGCTGGATGTCACTATTCAGGCGCAGATCCTGCAATTAATCAAAGTATTGCAAAAAGAGATGAGCATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTA‑TCCCCGACGTTTCCCGTTGATAAGCCTTGAACATCCAGCGAAACAGGCCCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACC > CP042583/730791‑731348 ||| aTTGCCGAATCAATTCGTCTGCATCAGAACGCCAGTCGTGAAGAAGCGATGGTCGAGGCGAAGCGGATGCTGGATCAGGTACGCATTCCTGAGGCACAAACCATTCTTTCACGTTATCCGCATCAACTCTCTGGCGGGATGCGCCAGCGAGTGATGATTGCGATGGCGCTGTCATGCCGCCCGGCGGTGCTGATTGCCGATGAGCCAACCACCGCGCTGGATGTCACTATTCAGGCGCAGATCCTGCAATTAATCCACGTATTGCAAAAAGGGATGTCGATGGGCGTTa > 2:1923963/1‑289 (MQ=255) 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agaagCGATGGTCGAGGCGAAGCGGATGCTGGATCAGGTACGCATTCCTGAGGCACAAACCATTCTTTCACGTTATCCGCATCAACTCTCTGGCGGGATGCGCCAGCGAGTGATGATTGCGATGGCGCTGTCATGCCGCCCGGCGGTGCTGATTGCCGATGAGCCAACCACCGCGCTGGATGTCACTATTCAGGCGCAGATCCTGCAATTAATCAAAGTATTGCAAAAAGAGATGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGc < 1:1250811/288‑1 (MQ=255) agaagCGAGGGTCGGGGCGCAGCGGGTGCTGGTTCCGGTACGCATTCCTGGGGCACAAAACATTCTTTCACCTTGTCCGGATCAACTGTCTGGGGGGATGCGGCAGCGGGTGGTTATTGGGATGGCGCCGTCATGCCGCCCGGCGGTGCTGATTGCCGATGAGCCAACCACCGCGCTGGATGTCACTAATCAGGCGCAGGTCCTGCAATTAATCAAAGGATTGCCAAAAGAGATGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGc < 2:1302355/288‑1 (MQ=255) agCGATGGTCGAGGCGAAGCGGATGCTGGATCAGGTACGCATTCCTGAGGCACAAACCATTCTTTCACGTTATCCGCATCAACTCTCTGGCGGGGTGCGCCAGCGAGTGATGATTGCGATGGCGCTGTCATGCCGCCCGGCGGTGCTGATTGCCGATGGGCCAACCACCGCGCTGGATGTCACTATTCAGGCGCAGATCCTGCAATTAATCAAAGTATTGCAAAAAGAGATGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGAt < 1:964242/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |