| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 734,098 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 734,098 | 0 | A | T | 99.5% | 436.7 / NA | 185 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (87/97); minor base G (1/0); total (88/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 734,099 | 0 | G | C | 97.3% | 408.9 / NA | 185 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/5); new base C (88/92); total (88/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.06e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 734,100 | 0 | C | G | 99.5% | 431.0 / NA | 185 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (88/95); total (88/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
GATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCAGCGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGAGCATGGTG‑AGC‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGAGCGGGATCAGCTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCAC > CP042583/733832‑734376 ||| gATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGt > 1:1389601/1‑289 (MQ=255) aGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATgaga > 1:1209329/1‑289 (MQ=255) ggAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGcc > 1:918586/1‑288 (MQ=255) tGGGATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGGGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCtt < 1:1912483/288‑1 (MQ=255) ggAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCtt < 1:1745828/287‑1 (MQ=255) tGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGcc < 1:159709/289‑1 (MQ=255) ggCTTAATGTCGTTTGCAAACGTTTCCTGGGGTTGATTCCGACGGTGTTTTTCGTCTCGGGGCTGGTGTTTTTGTTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGcc < 2:1559660/288‑1 (MQ=255) ttAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAAc > 1:432509/1‑289 (MQ=255) cGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCtgtg > 1:292966/1‑288 (MQ=255) gTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGc < 1:1057917/289‑1 (MQ=255) gTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCATGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGc < 1:763944/289‑1 (MQ=255) ttttcagtggCTTCCGGGGGTTGTTTCCGTGGCGGTTGATCGTGTCGGTGCTGGTGTTTTTGTTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGGCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGc < 2:1824941/279‑1 (MQ=255) ttATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGTTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGGTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGCCGTCCGGTTGCCGTTGAGATGTCCAGCCGCTTAATGCCAACGCtgtg > 2:302288/1‑286 (MQ=255) tATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTg > 1:18477/1‑289 (MQ=255) tATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTCCAGGGGGATTTTGGCCTTTCGATGGTGTCGC‑CG‑CGTCCGGTTGCCGTTGAGCTTGCCAGCCGCTGTGTGCCAACCCTGTGGcg > 2:1070077/1‑287 (MQ=255) tCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTTTTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGAc < 1:1423268/289‑1 (MQ=255) tCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGa > 2:620036/1‑288 (MQ=255) tCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTGATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGAc < 1:302288/289‑1 (MQ=255) cAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGAcc < 1:1298570/289‑1 (MQ=255) caCGCTTGTTGGGGTTGATTCCTGCGCTGTTGTTCGCCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATAGGCTGCCCGGCGGTCCGGCTCGCTTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCAt < 2:1389601/288‑1 (MQ=255) cGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGTTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATaa < 1:1627629/289‑1 (MQ=255) cGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATaa < 1:698595/289‑1 (MQ=255) aCTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTTTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCTGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGt > 1:1003650/1‑289 (MQ=255) aCTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGACCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGt > 1:34478/1‑289 (MQ=255) gTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAATCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGAGAAGCCGCTGTATCACCAGTTCTTGCACTATACCAGCAATGATGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑TGTCGTCCGGTTGCCTATGAGATTGCCTGCAGCGTTATGCCAACGCTGTGGCGCAACATTACCAGTAAGGTc > 2:1587856/1‑289 (MQ=255) ttGTTTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTTTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTc < 1:1587856/288‑1 (MQ=255) aTTCCGAGGCTGTTTTTCGTTTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATCGGCTGCCCGGCGATCCGGGGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTggg < 2:18477/289‑1 (MQ=255) aTTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTggg < 2:292966/289‑1 (MQ=255) ttccggccgtGTTTATCGTCTGGGTGCTGGGTTTTGTGTTTGTCCATATGCGGCCCGGGGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTGATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTggg < 2:1481379/279‑1 (MQ=255) ttCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTggg < 1:987431/288‑1 (MQ=255) ccGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCgg < 1:366472/289‑1 (MQ=255) gccGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGtt < 1:19913/287‑1 (MQ=255) aCGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGTGATTGCCAGCCGCTTTCTTCCACTGCTTTGGCCGACCATAACCAGTATGGTCTCGGCGGttt > 2:1315982/1‑288 (MQ=255) aCGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTta > 1:679159/1‑289 (MQ=255) 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ttttGGCCTGTGTATGGTG‑TTG‑CGTCTTCCGGTTGCCGGTTAGATTGCCAGCCGCTTTATGCAAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCAc < 2:1938759/289‑1 (MQ=255) ttttGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGTTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGgcagca < 1:150349/288‑1 (MQ=255) ttttGGCCTGTCGATGGTG‑TCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGGTTGAGTATGACCTTTGCGGTGGCGGGGATCTTGTTTCCGGCATTTGCTCGGGGGATGCTTTTAATTCAGGTACTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCCTGGGTGCAGACACGTGgcagca > 2:621680/1‑288 (MQ=255) ||| GATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCAGCGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGAGCATGGTG‑AGC‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGAGCGGGATCAGCTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCAC > CP042583/733832‑734376 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |