| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 734,272 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 734,272 | 0 | A | T | 99.0% | 479.8 / NA | 206 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (107/97); minor base G (2/0); total (109/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 734,273 | 0 | G | C | 99.0% | 469.2 / NA | 206 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (108/95); total (109/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 734,274 | 0 | C | G | 99.0% | 478.5 / ‑6.4 | 206 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (109/95); minor base T (0/2); total (109/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
CAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGAGCATGGTGAGC‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGAGCGGGATCAGCTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCCGCGCGAGCTTTGTCGATGTTTTAAGCGAAGATTATATGCGTACCGCGAGGGCGAAAGGGGTGAGCGAAACCTGGGTTGTCCTCAAACACGGGCTACGTAACGCGATGATCCCGGTA > CP042583/733996‑734553 ||| ttATGGAAGTGGTGTGTCA‑CAGTTGGGGTGTGGGTCAGCAGCGGTATCACCTATTCTGGCACTATATCAGAAATGCTGTTCAGGGGGCTTTTGGCCTGTCGATTTTTTCG‑CGTTGTCCGGTTGCCGATGAGATTTCCAGCCGCTTTATGCCAACTCTGTGGCTGACCATTACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATctcgtttcc < 2:1714029/289‑9 (MQ=255) aaCTGGTGCGTGAGGCGCTGGGGG‑TGGGTCAGCCGCTGTTTCACCAGTTCTGGCACTATGTCAGAAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCGTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCAt < 2:34478/288‑1 (MQ=255) tGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCAttt > 1:805498/1‑287 (MQ=255) gTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGGATGACCATTGCGGTGTCGGGGATGTCGTTTCCGGCATTT‑Gc > 1:1499266/1‑287 (MQ=255) cagcagCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTgggg < 1:1340604/288‑1 (MQ=255) agcTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGAt < 1:830335/286‑1 (MQ=255) aGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATCTTTGGTATGGCCGCGTGCATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGACCGGATCGCTTGAGGATGTCCCGTGCGGTGGTGGGGACCTCGATTCCGGCCTTT‑GCCCTGGGGATGCGTTTACTTCATGTAtt > 2:741658/1‑289 (MQ=255) ccGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATtc > 1:1782475/1‑288 (MQ=255) cGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTAtt < 1:1009410/286‑1 (MQ=255) gTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTCTGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑Gctc > 2:1610718/1‑257 (MQ=255) gTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGtt > 2:669986/1‑289 (MQ=255) aTCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGa < 1:93202/289‑1 (MQ=255) aCCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGa > 1:1518546/1‑286 (MQ=255) tCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTGGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGggc < 1:1643347/287‑1 (MQ=255) tCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGggct < 2:1182618/288‑1 (MQ=255) cTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGGTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGTCCGTATCGATTGCGTATTTACAGTTCGGGGTCGGGGATCCGGTTTCCGGCATTT‑GCTCTAGGGCTGCTTTTAATTCGCGTCTGCTCCGTGGAACTgg > 2:1643347/1‑284 (MQ=255) 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ggATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCCTTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGTTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGAcgggtgtag > 2:702058/1‑280 (MQ=255) ttttGTCCTGTGGAGGGTGTCG‑CGTGGTCCGGTTGCCGATGACATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGgcagca < 2:1844664/288‑1 (MQ=255) ttttGGCCTGTGTATGGTGTTG‑CGTCTTCCGGTTGCCGGTTAGATTGCCAGCCGCTTTATGCAAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCAc < 2:1938759/289‑1 (MQ=255) 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tGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATGCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACCTTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCCGCGCGTCGTTTGTCGATGTTTTAAGCGAAGATTATATGCGTACCGCGAGGGCGAAAGGGGTGAGCGAAACCTGGGTTGTCCTCAAACACGTGCTACGTAACGCGATGATCCCGGTa < 1:1672898/289‑1 (MQ=255) ||| CAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGAGCATGGTGAGC‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGAGCGGGATCAGCTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCCGCGCGAGCTTTGTCGATGTTTTAAGCGAAGATTATATGCGTACCGCGAGGGCGAAAGGGGTGAGCGAAACCTGGGTTGTCCTCAAACACGGGCTACGTAACGCGATGATCCCGGTA > CP042583/733996‑734553 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |